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船只二百余艘，仅操舟的水手就不是个小数目，操蛋的是船上原有的水手几乎都被带走，只留下空船。所以尽管当初原水军已经按照双倍人员配属，可也远远不够用，他们急需补充兵员。除将疍兵补入外，又让他们从义勇中优先挑选了一批擅水者补入，兵力也随之膨胀为五个指挥和十二个队，近五千人。但由于船有大小，各个指挥和队人数不尽相同。
按照原来定下选兵的规矩，指挥以下军官皆由所属主管选定，逐级选拔后报备到制司，而兵丁皆已按照名册划分完毕，他们只需照单接受。但这也考虑到了原有统属的关系，尽量将其老部队划拨到他们的麾下，以便于指挥。不适合执行战斗任务的人员、家眷和编余人员就只能暂时编入匠作营和王府老营之中。
随着各司的成立，参议局已经没有存在的必要，人员随即也分别补入各军各司之中担任文吏和幕僚。而匠作局也分为王府工正所和制司所属的都作院，总计局和医药局则整体转入制司统管，赵昺的自留地也只剩下内府这块地儿了……