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这一阶段的改变在于dna，从人体最本质上面发生改变。
dna上面表达遗传信息的有效片段——基因，不断向更有利的方向改变，也就是不断的优化基因，基因的优化导致它表达出来的蛋白质结构发生变化，从而改变人体肌肉的结构，让这种改变更加适合生存和战斗，这是身体本质上的改变，基因层次上的改变。
同时，那些在dna双螺旋结构上没有表达遗传信息的无效片段——内含子，也慢慢开始被激活，一些无效片段开始成为新的基因，这些新的基因会很好的融合原有基因，让它们一起表达出更强的碳基生命体，那些曾经沉寂在人体dna上的无效片段，便成了进化的后备力量，它们激活转化为有效片段，再次成为基因继续完成进化的使命，这就是生物体第二阶段的进化。
但是根据程心的推测，生物很可能存在着第三阶段，甚至第四阶段的进化，只是现在的科技无法预测，只有静观其变。
而那些变异人得到力量和异能的大致原理也和人类的异能者差不多，唯一不同的是他们的dna中的无效片段受到刺激后是无规则的突变，这些无效片段不融入原来的基因之中，它们激活后变成新的基因，这些新的基因和原有的基因各行其是，不会有丝毫的配合，然后胡乱表达出遗传信息，然后反应到蛋白质上，最后变成千奇百怪的变异人。
所以有的变异人长相非常奇怪，甚至出现返祖，长得更像人猿，有的长出双翼和远古时代的翼龙一样的翅膀，虽然变异人的dna属于突变，而不是进化，很多突变都是有害的，但是不可否认的是变异人实力增长速度强于普通的异能者，尤其是身体方面的强化远远超过了异能者，这也是变异人敢于直接和怪物近身作战而不落下风的原因。(未完待续。)