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位，自率大军移镇姑孰。晋廷也暗中采取一切有效措施以作防备。正是危机重重的时候，谢艾的梁州军与司马承的湘州军，已然将要兵临江州，开始进攻武昌城。王敦此时已患病，闻讯不禁大怒，亲自领兵又逆江而上，与勤王军大战，双方相持不下。朝廷趁势征召临淮太守苏峻等出兵讨伐，王敦遭遇两面夹击，支撑不住，开始转入颓势。皇帝司马绍更是御驾亲征，在击败王敦之乱的局势上，增加了最后一块重要砝码。
王敦气恨焦急，病情便越来越严重，但仍旧勉强支撑部署反击，但屡遭不利。还曾派钱凤督军复攻建康，又被皇帝率军击败。到了太宁二年的时候，王敦一病不起，终于死去，余部在钱凤、沈充等铁杆造反派的统领下，仍然负隅顽抗，但根基已倒，枝叶如何还能茂盛，没有多久，钱沈等都被陆续剿灭身死，至此王敦之乱彻底平定。
大逆得平，东晋朝廷终于缓过一口气来。朝廷对朝野内外的各种勤王力量或者身处敌营、藩镇但却始终忠于皇室的臣子，都给予了不同程度的嘉奖。不过最后面对秦王高岳，朝廷却变得含糊其辞，态度转而微妙起来。