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庖牺自跟随清虚学道之后便具有了神通，帮助族人获得了更多的食物，从清虚处学来的渔猎之术也帮助族人能自主的获得食物，伏羲又根据蜘蛛织网的样子制成网罟更加方便了族人的捕鱼，同时又教授族人驯养野兽，将其变为家畜，使风兖部落的人类更加的富足，慢慢的庖牺在部落中的威望越来越高，族长觉得庖牺已经长大了，可以替族人做出各种决定，可以将部落发展的更大，便想将族长之位传给庖牺。
庖牺以自己年龄还小，且还在跟随老师学习为由婉拒了族长的要求。华胥听说后向庖牺问到：“你为什么不接下族长的位置呢？你的能力已经超过了族长许多，而且族长已经老了，部落现在需要一个更年轻更有力的首领来带领他们，难道你学了强大的法术便想丢弃族人吗？”
庖牺答道：“母亲，庖牺不是不愿帮助族人，而是老师的东西我还没学玩，一旦接受族长的位置我就没有那么多的时间来向老师学习，我想学习更多的东西，以后便可以更好的帮助族人。”“庖牺是母亲误会你了。”
如此又过了两年，清虚对庖牺说道：“如今该交给你的我已全部交给你了，你也该去接任族长的位置完成你的使命了。”说完便将女娲娘娘送来的伏羲琴交给庖牺说道：“洪荒中有许多危险，此物交给你护身。”庖牺见已经留不住清虚了便说道：“那请老师参加完弟子接任族长的仪式再走吧。”清虚点头答应了。
此时风兖部落的族长已经老的快死了，听见庖牺终于愿意接任族长的位置了，万分的高兴，忙让族人准备庖牺接任族长的仪式，七天之后，庖牺在清虚的见证下接过了族长的位置。清虚对庖牺说道：“你如今已然接掌了族长的位置，再用庖牺这个名字已然不适，今你可改名为伏羲。”庖牺听完说道：“弟子伏羲谢老师赐名。”清虚点点头便驾祥云而去。
伏羲自从接过族长的位置之后便励精图治，带领族人过的越来越好，周围部落的人闻听伏羲之名皆举族来投。慢慢的风兖部落越来越大，以前的小寨子已然无法容纳太多的族人，伏羲便带领族人在陈这个地方建造可都城，以供族人居住，和躲避猛兽的侵袭。那是人们只是用树的枝叶简单的围在身上，每到冬天便有许多老人、小孩和伤病患者耐不住严寒而冻死，伏羲便又用动物的骨头制作了骨针，以动物的筋做线将猎物的皮做成衣服，以提高族人御寒的能力，使族人，免于冻死。
那时人们是用在绳子上打结的方法来记录每天的收获，而部落越来越大伏羲见用结绳记事的方法不能很好的记录发生过的事，便又发明了一种简单的符号来记录发生的事伏羲将其称之为书契，故后世之人又将伏羲称之为“人文始祖”。
倡导男聘女嫁的婚俗礼节，使血缘婚改为族外婚，结束了长期以来，子女只知其母不知其父的状态。又依照伏羲琴发明陶埙、琴瑟等乐器，创作乐曲歌谣，将音乐带入人们的生活，帮助人们“修身理性，反其天真”。将其统治地域分而治之，而且任命官员进行社会管理。还创制了历法，使人们狩猎都有了时间的根据，避免了错过最好的捕猎时间的事情。
由于洪荒天庭被毁，而昊天所建的天庭人手有限，不能很好的管理风、雨、雷、电、等力量，使得各种灾害不断，使人族经常遭受各种各样的灾难，造成很大的损失，失去许多族人，伏羲极为着急，想能不能避免这种损失。便夜晚观察月亮、星斗运行的规律，白昼观察太阳运行的路线，查看山川河岳，傍晚便坐在洛水旁思考其中的联系。
这一日他又在洛水旁思考着，突然他听见了两声奇怪的吼声，抬头看去，只见从洛水中浮起一只大龟，龟背上驮着一本书，从洛水对面的山洞中跑出一匹赤纹绿色，高八尺五寸，类骆有翼，蹈水不没，马身而龙鳞的异兽，此异兽正是龙马，龙马背上放着一张卷图，此二兽将背上之物放于伏羲身前便消失不见，此物正是那先天灵宝河图洛书，此宝自帝俊身陨后便不知所踪，今日感伏羲为天下百姓的那一股毅力，神物有灵遂现出本体将河图洛书送于伏羲。
伏羲上前将河图洛书捡起，只见那河图洛书上蕴含着极为浓郁的灵气，不在老师清虚送于自己的宝物——伏羲琴，忙将其收入怀中，回到不落将其祭炼完成后便开始慢慢体会其中所蕴含的大道，伏羲这一入定却是持续了八八六十四天，六十四天之后伏羲醒来，仰首大笑道：“如此则族人无忧已，说完便伸手在地上画下了一太极八卦图，乾一、兑二、离三、震四、巽五、坎六、艮七、坤八，八个符号围在太极图周围，这八个符号看似简单却是蕴含大道，可以用来推算万事万物，而且其最奇妙的是就算是没有一点法力的凡人只要将其所代表的涵义记清楚也可以用之推算。
伏羲想道：“若将此法教会族人，他们便可以用它来推算，已达到趋吉避凶的目的。想到此处，伏羲脸上不由露出了笑容。就在此时天空之上异香阵阵，朵朵天花散下，一团霞光落下融入伏羲体内，伏羲的道行瞬间提升了一大截，而在王屋山天空中也有一团功德降下，清虚展颜一笑，将这份功德收入袖中。
却原来是伏羲画出八卦使得人族有了躲避灾祸的能力，对天灾虽然还是无法可想，可是毕竟有了躲避的可能和时间，上天感念其功，故降下功德以示奖励，而清虚由于教导伏羲有功，故上天也降下了一份功德。
伏羲回到部落后便挑选出部落中极为聪慧的族人，自己开始教授这些族人八卦之术，数年后待这些族人将运用八卦推算之法悟出一点皮毛之后伏羲的声望更是涨到一个前人所无法企及的地步，又有数十小部落前来投靠，融入风兖部落之中，使得风兖部落成为黄河流域最大的部落，十余年后伏羲的威名传遍整个洪荒人族部落，众部落感念伏羲为人族做出的贡献遂推伏羲为人族共主。而伏羲见自己的部落越来越大，仅靠自己和几个长老已然管理不过来，便将族人分为几块，每一块都有数个聪慧的族人管理，使得人族有了最原始的一批官员出现。
如此过了数十年伏羲的修为日渐高深，他隐隐感觉到自己能留在人族的日子不多了，可是他又不放心整个人族，想在人族中找一个有德之人接替自己的位置，照顾还在洪荒中苦苦挣扎的人族，花费数年时间终于找到了一个伏羲觉得可以接替自己位置的人——朱襄氏。