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宁海号两艘战列舰中度损伤，各自进入船台维修四到六个月，还有两艘轻巡、五艘驱逐舰被击沉，其余战舰也都浑身带伤。由于航母甲板被破坏，导致飞行员不得不迫降或跳伞，最后统计有三十九架战机被击落，还有九十六架迫降时损毁。幸运的是，由于杨国昌的提前安排，所以只有二十二名飞行员战死或失踪，其余全部获救。还有两千余名海军官兵战死，四川号航母的少将舰长也成为开战以来民国战死级别最高的军官。而海军海航第五大队队长章鹏以一战击落六架零战，总击落十六架日机的成绩，一下子成为全国瞩目的零战克星，云向南、雷少保和刘宇等人也被授予王牌称号。
如果说首轮突袭是有心算无心，只是岸基航空兵的精彩表演的话，那么琉球海战就是海军的独舞，真正戳破了日海军的不败神话。战后两国同时宣布胜利，民国宣布击沉包括战列舰和航母在内的四十艘战舰，摧毁八百架飞机，而日更宣称击沉四艘中国战列舰和四艘航母，摧毁了南洋舰队主力。在当天的战斗中，湛江、香港和广州也遭到菲律宾日机的轰炸，因雷达和防空准备充分是，所以大部分日轰炸机都被拦截，只有少量完成投弹，并没太造成太大损失。
得到杨国昌的战报后，杨秋却在沙发上发呆了整整一小时。他倒不是因为损失，而是失去两艘航母后，导致海军仅剩三艘舰队航母可以使用（护航航母因为速度和防护，使用时缺陷很大）。而山五十六回来后，日海军已经有四艘舰队航母坐镇琉球海域，拉包尔的双鹤也在回来途中。
更糟的是，由于四川号沉没，贵州号需要大修，能不能顺利拿下关岛并守住，一下子成了他心头病。
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