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陷入流寇、官兵、满清三方角逐。朱明王朝这边，因为朱由检幸运逃脱升天，虽然他被许多势力刻薄咒骂为昏庸之主，却毕竟是已经坐稳江山十余年的皇帝，天然成为所有明军勤王救难的旗帜。
另外，朱由检靠炼精前期修为逃脱升天，嫌弃武臣无能，更恨文官人人该杀。来到了南京，一些文臣不满意朱由检改革旧政，暗中诋毁朱由检是朱明王朝崩溃的元凶，应该退位让贤，让明主率领能臣重振大明江山。朱由检经此剧变，已经彻底不信任了文官，某一次朝议期间被文臣激怒，骇然仗着炼精前期修为当场格杀文臣一百六十七人，霎那间成为令人敢怒不敢言的暴君。
朱由检改变了他的历史，也改变了南明的历史，但是整个时局颓废如旧，李自成和张献忠在满清步骑追击下陆续走向败亡。李自成死后，余部一分为二，其中李过、高一功等首先与朱明朝廷接触，协商联明抗清。流贼屡降屡叛是明末常态，朱由检并不信任李自成余部，但是鉴于北中国沦陷且顺军战斗力显著高于明军，朱由检犹豫再三，准许了李自成余部的投降，同时又忌讳李自成余部的再叛，把已经无法实际控制的HN及淮北等地，虚名授予李自成余部。
张献忠死后，余部退往云贵，改回李氏原姓的李定国、刘文秀、孙可望等将领，也以封王为条件向朱明政权提出合作要求。然而，朱由检恼恨张献忠余部割据YN等地，始终不允他们投降，进而导致明军两面首敌，一方面迎战北方来的满清锐卒，一方面在云贵SC等地与张献忠余部缠斗。