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犯朝鲜，攻陷王京，朝鲜王李日公逃往义州求救。
六月十九日，各路兵马进军到宁夏，贼寇引诱河套部进犯，被官军击退。
秋七月十六日，免除陕西拖欠赋税。十七日，副总兵祖成训率兵援救朝鲜，在平壤与倭寇交战，战败。二十七日，罢免三边总督魏学曾，以叶梦熊取而代之，不久逮捕魏学曾，打进监狱。
八月十八日，兵部右侍郎宋应昌经略防备倭寇之军务。二十二日，朝廷诏谕各地督抚举荐将材。
九月十六日，平定宁夏贼寇。
冬十月十六日，李如松提督蓟、辽、保定、山东军务，并担任防海御倭总兵官，援救朝鲜。同月，赈济京畿、浙江、河南受灾各府，并分别对田租予以减免。
十月十二日，朱翊钧驾临午门，接受宁夏战俘。
十二月八日，告示天下：宁夏贼寇已被平定。
这年，有暹罗、土鲁番前来朝贡。
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万历二十年(593)春正月十九日，李如松将平壤倭寇击败。十六日，王锡爵还朝。二十六日，朱翊钧下诏封三个皇子为王，朝廷大臣据理力争，不久作罢。二十七日，李如松进攻王京，在碧蹄馆与倭寇相遇，战败。
二月二十九日，犒劳东征将士。
夏四月十九日，倭寇放弃王京而遁。
六月十四日，朱翊钧诏令天下各地每年夏季审讯囚犯，对轻犯之类予以减刑和释放，以两京为例。二十日，倭使小西飞真诚请求投降。
秋七月初，诏谕救援朝鲜的各边镇军队返回。初三，出现彗星，命群臣修身反省。
八月初五，朱翊钧以灾异频繁为由，命内外诸臣修举实政。
冬十月十六日，中止行刑。
十二月初七，蓟辽总督顾养谦兼理朝鲜事务，召回宋应昌、李如松。
当年，赈济江北、湖广、河南、浙江、山东饥荒。河南矿贼大起。乌斯藏前来朝贡。
■万历二十二年(594)春正月二十日，朱翊钧诏示天下：各省灾害频繁，尤以山东、河南、徐、淮为甚，盗贼四起，官吏玩忽职守，朝廷诏令不行，自今以后，要以安民除盗之政绩来决定罢免和升迁抚按官员。
二月初四，皇长子朱常洛出阁讲学。十六日，派官员赈济河南，并免除其田租。
三月二十五日，诏令修订国史。
夏四月初，日食。
五月十四日，礼部尚书陈于陛、南京礼部尚书沈贯同时兼任东阁大学士，参与机要事务。二十四日，王锡爵辞官。
六月初二，雷雨交加，西华门遭灾，诏令修身反省。
秋七月二十日，河套部长卜失兔进犯延绥。当月，延绥总兵官麻贵在下马关击败河套部敌军。
冬十月十五日，南京兵部右侍郎邢..总督川、贵军务，讨伐播州宣慰使杨应龙。二十三日，诏谕倭使入朝。当月，炒花进犯辽东，总兵官董元将其击败。
这年，琉球、乌斯藏入朝进贡。
■万历二十三年(595)春正月癸卯日，朝廷派遣都督佥事李宗城、指挥杨方亨封平秀吉为日本国王。
三月二十三日，赐朱之蕃等人为进士及第以及其他不同出身。
夏五月二十六日，京师地震，朱翊钧命令群臣修身反省。
秋九月初九，青海部长永邵卜进犯甘肃，参将达云将其击败。十六日，下诏恢复建文年号。
冬十月初三，湖广遭灾，分别予以减免赋税和赈济。
十二月初三，大学士赵志皋等人请求批留在宫禁中的奏章，未得答复。
这年，江北生水灾，淮河水漫河堤，淹没泗州祖陵。
■万历二十四年(596)春二月十日，麻贵将河套部击败。
三月初八，乾清、坤宁二宫遭火灾，朱翊钧命群臣修身反省。二十五日，下诏自责。当月，火落赤进犯洮河，总兵官刘纟廷将其大败而逃。
夏四月初三，李宗城从倭营跑回王京。
五月初二，河套部之敌军进犯甘肃，总兵官杨..将其击败。初四，再次商议封倭事宜，命都督佥事杨方亨、游击沈惟敬前往。
六月，赈济福建饥荒。
秋七月初二，吏部尚书孙丕扬请求批推举补缺官员的奏章，未予答复。十三日，仁圣皇太后驾崩。二十日，开始派遣中官在畿内开矿。不久，河南、山东、山西、浙江、陕西之矿皆获准开采，以中官统领。群臣屡次进谏，皆未听取。
闰八月初，日食。初三，大学士赵志皋奏请朱翊钧临朝执政，批章奏，结束开矿，未予答复。
九月初二，杨方亨到达日本，平秀吉拒受封号，再次侵犯朝鲜。二十二日，安葬孝安庄皇后。此月，河套部又侵犯宁夏。总兵官李如柏将其击败。当年秋天，黄河在黄土固口决堤。
冬十月十三日，中止行刑。二十二日，开始命中官专管通州专卖税收。此后，各省皆设税使。群臣屡谏不听。
十二月十三日，陈于陛死去。