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应熊先抑后扬，确实是要启用钱谦益，要利用他东林领袖的身份，很多新政，钱谦益来做，比他这个丞相用强权推行要方便得多，毕竟，明末不怕死的读书人还是很多的，强权不一定能把事情解决掉，吴应熊也不想杀掉那些倔强的读书人，那些迂腐的书生倒真不是一无是处，如果能因势利导，还是可以为国家所用的。钱谦益的学生里面，还是有很多巨牛的人物，比如郑成功，吴应熊还要重用的。
而且吴应熊知道，就算自己打压东林党，强制禁止东林党人讲学，也难以禁止。明朝嘉靖皇帝曾经毁禁东林党的书院，但效果不佳，而张居正逝世之后，他所倡导的改革也半途而废，不了了之。此后的四十年间，东林党的书院不但相继恢复，还新创建了一百七十一所新书院。明朝最后一次毁**院，就是魏忠贤迫害东林党，时间是天启五年，但魏忠贤倒台后，东林书院又“春风吹又生”。
毕竟江南经济繁荣，读书人多，所以吴应熊要钱谦益做的第一件事，就是因势利导，让读书人学习本土科技著作和西洋科技著作，朝廷也借机划定九部科举必考著作：李时珍《本草纲目》，朱载堉《律学新说》、潘季驯《河防一览》，程大位《算法统宗》，屠本畯《闽中海错疏》，徐光启《农政全书》，宋应星《天工开物》，徐霞客《徐霞客游记》，吴有性《瘟疫论》，这样明朝的读书人就算开化了，吴应熊以后推行新政就会容易得多。
吴应熊说：“这一条，钱大人办起来应该不难吧？你就说朝廷取材用人的方向变了，需要新人才，让东林书院的读书人读一点有用的书。”
钱谦益想了一会，回答吴应熊说：“若钱某做了江南巡按御史，有权加上威望，这件事办好应该不难。丞相说的第二件事呢？”
“相信这第一件事，确实是难不倒钱大人。”吴应熊笑了，他要钱谦益办的事，一件比一件难，于是说：“本丞相要你去办的第二件事，便是朝廷要在江南征收商业税了！”