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学武强身健体的同时护国护寺。历代少林寺主持都要选派一个高僧大德出任护寺僧，带领一些年轻的僧人学武练功。到了隋唐的时候，少林寺更是帮助当时还是秦王的李世民除去了为恶河南的王世充部，这就是名扬天下的“十三棍僧救唐王”的故事。事后李世民成为了唐朝的太宗皇帝，来少林寺感谢众位师父。少林寺众僧拒绝了所有的物质封赏，也拒绝了到朝中担任高官，只接受紫衣袈裟各一件，水碾一具。李世民为了感激少林寺，赐下嵩山少室山给少林寺，作为少林寺的佛田。并下旨允许少林寺自己组建合法的僧兵队伍，保家护院的同时，可以广收俗家弟子。
少林寺一代一代传了下来，到了明朝的时候，少林寺已经是中国武术界的泰山北斗。当时有一种说法叫“拳出少林，剑归华山。”也就是说所有练拳的，都要称呼少林为祖师，十有八九都是和少林有关连的。不是少林俗家弟子教的，就是少林的旁支，或者直接是从少林寺学来的。
福建莆田少林寺的来由是因为江南的倭寇。第一批的少林弟子是因为家乡有倭寇作乱地方，他们请了一些同门师兄弟回家乡保家护乡。可是他们人数不多，几乎全部死在了福建。最后一个师兄弟将自己的师兄弟们供奉在福建寺庙里，自己也留了下来。这个僧人虽然从此没有离开寺庙，但是开始教授附近的百姓一些武术。
福建少林寺的建立，在于明朝的一份调兵函。朝廷调嵩山少林寺的一队僧兵去福建帮助官兵抵抗倭寇。朝廷的意思是倭寇多为倭国的武士，不如叫中国的功夫高少林寺的人去消灭。第一批的僧兵出发了，他们一行三百人由河南嵩山出发，来到福建东南沿海。
第一批僧兵的失败，原因很多。第一是不熟悉这里的地理环境，第二就是水土不服，大多数的僧兵精神不佳。第三，就是低估了倭寇的残忍和作战能力。第四，朝廷军队没有及时配合。第五，后勤保障没有跟上。僧兵不同于士兵，不但不能吃肉，而且不习惯福建当地的伙食，吃不好睡不好，怎么能和倭寇作战？