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初平二年（191年），董卓进入关中后，留朱儁守洛阳，朱儁便和山东诸将通谋，想作内应。后来，朱儁害怕董卓袭击自己，弃官逃往荆州。董卓任命弘农人杨懿为河南尹，驻守洛阳。朱儁闻讯，率兵还洛阳，杨懿退走。朱儁见河南残破，无法作为屏障依靠，于是引军向东面，屯驻在中牟县。并传信给各个州郡，召请部队讨伐董卓。徐州刺史陶谦派来精兵三千。其他州郡也派了一些兵来，陶谦便上表奏任朱儁代理车骑将军。董卓闻知后，让他的将领李傕、郭汜率领数万人屯驻河内抵挡朱儁。朱儁出击，被击败。朱儁自知众寡不敌，于是停留关下，不再前进。
初平三年（192年），李傕、郭汜掌权。朱儁当时还在中牟，陶谦认为朱儁是名臣宿将，屡立战功，可以委以大任，于是和诸豪杰共同推举他为太师，并传檄给各州牧伯，相邀一同讨伐李傕，奉迎天子。
正好李傕听从太尉周忠、尚书贾诩的计策，派人用天子诏书征召朱儁入朝。两条道路，摆在面前，何去何从，亟待选择。军吏将士都不愿入关，想与陶谦等联合。朱儁却不慌不忙，说出了一番道理。他说：“用天子的命令召臣子，应当不等征召就要去，何况是天子的诏命呢？而且李傕、郭汜是奸乱小人，樊稠是平庸无用的人，没有别的什么远大的谋略，又势力相等，变乱必定发生。我乘他们的不备，突然行动，那大事就可以成功了。”当下辞谢陶谦等人，奉诏入京任太仆。陶谦也只好作罢。
愤懑离世
同年，朱儁接替周忠为太尉，录尚书事。
兴平元年（194年）秋天，朱儁因日食而免职，又奉命代理骠骑将军职务，持节镇抚关东，但未出行。
兴平二年（195年）二月，李傕杀死樊稠，郭汜自疑，又与李傕相互攻杀，长安大乱。朱儁留京没有出行，任大司农。李傕劫持汉献帝到自己的营中，献帝命朱儁和太尉杨彪等十多人去说服郭汜，让他与李傕和解。郭汜不肯，扣留朱儁、杨彪等为人质。朱儁的性格刚猛，当日便过于愤怒发病而死。
人物评价
总评：朱儁镇压黄巾，手段过于血腥。但他不附董卓，明显其节，讽刺迁都，曲表其愤，欲乘傕、汜，更见其深谋远虑。对此，则应一分为二地给予评价。
历史评价
陶谦等：“将军君侯，既文且武，应运而出，凡百君子，靡不颙颙。’故相率厉，简选精悍，堪能深入，直旨咸阳，多持资粮，足支半岁，谨同心腹，委之元帅。”
虞翻：“近故太尉上虞朱公，天姿聪亮，钦明神武，策无失谟，征无遗虑，是以天下义兵，思以为首。”
范晔《后汉书》：“①皇甫嵩、朱儁并以上将之略，受脤仓卒之时。及其功成师克，威声满天下。值弱主蒙尘，犷贼放命，斯诚叶公投袂之几，翟义鞠旅之日，故梁衍献规，山东连盟，而舍格天之大业，蹈匹夫之小谅，卒狼狈虎口。为智士笑。岂天之长斯乱也？何智勇之不终乎！前史晋平原华峤，称其父光禄大夫表，每言其祖魏太尉歆称‘时人说皇甫嵩之不伐，汝豫之战，归功朱儁，张角之捷，本之于卢植，收名敛策，而己不有焉。盖功名者，世之所甚重也。诚能不争天下之所甚重，则怨祸不深矣’。如皇甫公之赴履危乱，而能终以归全者，其致不亦贵乎！故颜子愿不伐善为先，斯亦行身之要与！”“②黄妖冲发，嵩乃奋钺。孰是振旅，不居不伐。俊捷陈、颍，亦弭於越。”
张预：“孙子曰：‘将能而君不御者，胜。’隽得假日月而破赵洪。又曰：‘善攻者，敌不知其所守。’隽攻西南而掩东北。又曰：‘围师必阙。’隽解围而降韩忠是也。”
郝经：“嵩儁有大将之略，昧匡时之几，遂为桀逆所制，不能以功名终。”
蔡东藩：“黄巾之平，皇甫嵩为首功，朱儁其次焉者也。朱儁与皇甫嵩齐名，而谋略不及皇甫嵩，颍川之役，微皇甫嵩，儁且一蹶不振矣；若汝南陈国之平贼，亦赖嵩为主帅，而儁得分功，至移讨宛城，两月不下，必待朝廷之督促，方苦心焦思，用谋破贼，然亦幸遇赵弘韩忠之犷悍无谋，乃得为儁所算耳。”