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转过年来，李云崖开始正式整顿京营，明朝京营在朱元璋建国时候有四十八卫，共二十多万人，后来明成祖朱棣迁都北京，增加到七十二卫，这时候的京营战斗力相当强悍，打仗的时候，以京营为主，地方军为辅，朱棣屡次暴揍蒙古，是以他们为主力。
明英宗时期，发生了土木堡之变，几十万大军土崩瓦解，死伤狼藉，于谦保留三大营的同时，挑选精锐重新组建十营团。到了成化年间，十营团开始*，变得孱弱，于是从十营团里挑出精锐，组成十二营团。到了正德年间，十二营团也不行了，朱厚照下令掉边军入卫，设立东西官厅。嘉靖年间，又把前面的裁撤掉，重新恢复三大营……
如今到了崇祯朝，京营账面上的军队数量有十几万，但实际上，军户大量逃亡，一个本该有五百人的官手下只有二三十人，在这不到三十人当中，又有大大小小的军官……官比兵多，而且大多数都是老弱病残，缺少衣甲兵器，一年不曾训练的都是常事，还被克扣军饷，兵部积欠半年，好容易发下来被军官截留，下边要积欠一年，甚至更多。
这种军队，已经彻底打不了仗了。二月二龙抬头，李云崖带着五千青龙军唱着精忠报国的军歌来到京营，把这里的军官上到总兵，下到把总全都叫到一起，先清查账务、军库，钱粮军械全都大量亏空，又让他们把士兵拉出来，结果稀稀拉拉只有不到三万老弱病残，原本还有点青壮的，不过这两年被李云崖先后挑走了六千多，后来又在保卫战时死了不少，现在只剩下这些了。
李云崖下令把当官的都绑了，有名有姓的，共一千七百六十二人，全部押往兵部，并亲手写了一个折子，这是他来到大明朝之后写的第一封奏折，用钢笔写的，他不会写毛笔字，但钢笔字还是很灵秀的，满满地写了十折纸，密密麻麻，详细列了京营现在的情况，并讲了自己在大方向上要如何改革，写完之后，不经过内阁，派人直接送进宫里。
朱由检看完了大发雷霆，他原以为京营已经很烂了，没想到事实情况比自己事先想的更烂！他把兵部尚书叫过来，狠狠地批评了一顿，让他一定要从严、从重处罚！
这次被建奴打到家门口，几乎要攻破北京城把自己捉住当俘虏，对壮志勃勃的朱由检来说简直是奇耻大辱！他做梦都想李云崖给他练出一支像青龙军那样的军队，三千人敢力抗建奴一万骑兵！不需要多，只要李云崖给他练出三万这样的军队，能横扫建奴，平定辽东，收服沈阳，把当年因为萨尔浒战败丢掉的土地拿回来！
一想到这些，朱由检很兴奋，他写回信告诉李云崖，除了银子之外，你要什么我给什么，你说用谁用谁，你说废谁废谁，不管你用什么办法，一定要把兵给我炼成了！