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藩属国事务；设教育部，管理老制的科举和后来的小学。代替礼部。
再设法务部，跟公安部一起代替原来的刑部；设国防部，代替原来的兵部。
裁撤只会耍嘴皮子骂人的督察院，该设监察部，另设农业部、工业部、商业部，分别管农工商三民，再加上一个卫生部。
在财政部、法务部、公安部、教育部、卫生部、农业部、工业部、商业部这八大部之上设立内阁，李云崖亲自做第一任的内阁总理。
把国防部、外交部、监察部另成一个系统，由皇帝直接管理。
李云崖告诉朱由检：“大明朝有两亿人口，每天发生的事情千头万绪，你当皇帝的，久处于深宫之中，一来处理不了这么多的事情，二来你不知道下面的事也处理不好，该放权的时候得放权，交给下面的人做好，你只要牢牢掌握住军权，民政的事能不管不要管，都给总理负责。”
李云崖这举动有点夺|权的味道在里面了，让朱由检吃惊万分，他想要问问李云崖，你是不是真的要谋朝篡位？
只是自古以来篡位没有这么篡的，实在是李云崖太坦诚了，完全是一副我完全在实心诚意帮你做事的样子，你如果不愿意拉倒……朱由检在心里大声告诉自己：你要相信云崖，云崖是天上下界的仙人，不会贪恋人间的富贵权势的，云崖要想杀你，随手能够变出宝剑来，早杀你千百回了！他现在别人都靠不住，也只能靠李云崖了。
默默地给自己催眠了会，朱由检把心里那点不舒服消化掉了，决定按照李云崖说的来做！