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葡萄牙衰落的比西班牙还厉害，此时的国力远不如西班牙跟荷兰，虽然也有所复苏，但也差距极远，他们所在的澳门，比台湾岛上更小，兵力更少，根本无法跟明军抗衡，在接到大明让他们离开的文书之后，也立即做出答应的回复，收拾东西回麻六甲。
至此，南方暂时平定下来，李云崖让人实地考察台湾岛的地形，确定在基隆修建军港，这里的地理位置实在太好了，如果后世解放军能够在这里驻军，向北画一条直线，跟大连连接起来，可以用战机跟军舰在黄海东海一代取得绝对的控制权，日韩两国，哪怕再加上美国也没办法在这里跟中国抗衡，两海将彻底成为中国内海。还能以此为基点，俯视大洋，神马菲律宾、新西兰、澳大利亚都只能在中国人的身影底下像鹌鹑一样瑟瑟发抖。
南方战事告一段落，李云崖跟朱由检又把目光转会到东北亚来，去年卢象升递了折子，提出一条“平倭策”，要武装扶植日本不服德川幕府的蕃主，让他们去对抗幕府，朱由检把折子打回去，让他好好列出一整套系统的办法来，卢象升回去召集参谋们制订了厚达四十八页的具体平倭策，李云崖和朱由检找来相关的官员研究一番，又进行了一些删减，盖上皇帝大印，正式生效。