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不过加藤段藏得知这一情况之后，并没有立即采取行动，立即撤离，他反是自持轩辕众对这一代地形的熟悉，事先设下埋伏。
所以武田军由有山虎定率领，开始向轩辕众藏身之地，进行突袭之后，一开始反而中伏。
还未看见敌军的情况之下，就在山间遭到吹箭，撒菱，忍镖，弓箭的各式袭击，在撤退之中，又遭到了陷阱，损失了百余人。
有山虎定大怒之下，率军正式进行进攻。
按道理而言，忍者众虽个个穿山走林十分厉害，但论及正规作战，又怎么会是武田军对手。
不过轩辕众就是利用这一带山林地形，与武田军周旋，进行各式袭扰。
山林之中，军阵无法展开，令有山虎定感觉到，自己仿佛如空有一身气力的勇士，却拳拳打到空气之中，反观对手虽然远不如自己，但是每一拳打在自己身上，并且拳拳到ròu，疼上半天。
进攻数次，到了最后连横谷幸重的吾妻忍亦出动，但是仍是被轩辕众凭借地势击退。
眼见天sè快黑，到时轩辕众可以利用夜sè掩护，从容遁山逃走。为达成全歼轩辕众之目的，有山虎定震怒之下，正要不惜一切代价发动强攻时，却被横谷幸重劝阻住。
武田军改变战术，不再进行蛮攻，转而是守住四方，之后朝轩辕众所在的山头放火。
此时正是秋季，草木枯燥，武田军分十几处一起放火，火势很快就席卷了山上。
轩辕众当下再也不能在山上屯扎下去，纷纷下山奔逃。
绝大多数人逃至，木下秀长预定埋伏的山谷之中，当即遭到了山谷两侧，武田军铁炮弓箭的袭击。
加之山谷出路，又早被木下秀长用大石堵住。
所以逃至此地的轩辕众，无一人可以逃脱，山谷之中顿时尸体堆砌如山。
而分散在外围武田军，亦开始向内赶杀逃往别处的轩辕众，吾妻忍则奔走在山中，专杀漏网之鱼。
横谷幸重简直是彻底将他当初斩草除根之言，进行得十分彻底。
一夜之间，名震关东的上杉家家忍，轩辕众就此除名，彻底斩草除根，仅仅有几人得以逃脱，大部分人皆是亡于此战中。
大名鼎鼎的飞加藤，加藤段藏，在昨夜准备以鸟渡之术，偷行穿山时，被武田军发现，身中数箭而死，在此结束了他传奇的一生。
轩辕众覆灭之后，李晓的飞驒越中军团，亦有惊无险地渡过了亲不知子不知险地。
李晓大军正式攻入越后，其前锋马场昌房备队，于不动山城城下四下放火。
不动山城主，上杉家大将山本寺定长畏惧于武田军声势，不敢出战。