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上，则是存在了好几种不同的组织。
最引人关注的，是管理土地田产的武士。
平手汎秀对于幕府直辖的田产，设立了十个“御料所”，而对于名义上属于家臣，实际由幕府代官的田产，则设定了二十三个“代官所”。
每“所”管理土地，少则五七万石，多则二十万石，有的是连成大片，有的是零散飞地，大约按照每五千石对应一名正式武士来决定人数规模。各所头目的主要职责是确保粮食按时按量上缴，也承担一定的行政、治安任务。
然后，直属于幕府的三十四处町镇，分别设置一个“町奉行所”，人数多少根据町镇的人口面积和经济规模决定。
中枢机构跟大商人打交道，主要是通过售卖专卖权的式获利，每次都是几万贯。而地的町奉行所的工作则是栋别钱、关税这之类琐碎的西。
当然也不是专门捞钱，除了财税之外，也有警视厅来捕盗、消防，维护治安，作事奉行管各种基建修补，目安役者收集町民意见，诸如此等。
界町这种程度的大都市，奉行所会设有两百武士，这些武士又有六七百下人，能够承担复杂的任务。最的町奉行所可能只有武士十名，下人三十，不过工作压力相应也很。
另外在各地金银铜铁出产之地，设了二十一个“矿山奉行所”。他们的任务就很明白了，把矿石挖出来，进行粗加工，运回幕府交差即可。
每所之下，依然也要分为勘测规划、实施挖掘、加工运输、工匠管理、治安维护的几个部门，其实也不比町奉行简单。生态更像是“大型国企”。