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制科由皇帝在殿廷亲自进行。
康熙十七年、乾隆元年两次开博鸿词科，令中央和地的官员举荐行兼优、词之人，不论已仕未仕，均可应考。
其试题为诗、赋、判等，成绩列在一、二等者俱授翰林官。
除此之外，每逢皇帝登基之年令各地举孝廉正、皇帝巡幸召试，也属于制科。
不过前都已经过了，八股的危害其实很大的，它禁锢了人们的思想，所以明清两代以来，不断有人抨击八股取士不能选拔优秀人才。
特别是鸦片战争后，西资主义列强来，中国面临“数千年来未有之变局”。
另一面，太平天国等国内人民的反抗斗争此起彼伏。
于是，清王朝处于“内忧外患”之中，迫切需要经世应变之才以维持其统治。
显而易见，八股取士的科举制度不能适应这种时代的要求，当时西的科技术以及内政外交所需的其他许多知识，均出于科举士人的旧视野之外。
在这种情况下，科举制度的改革就被提上了议事日程。
科举制度的改革最初始于注重时务。
186年同治元年，清政府认识到国子监“专课艺，无裨实”，下令“兼课论、策”，“奖励留心时务者”。
1871年同治十年，下令考取生员的童试加试算;185年光绪廿一年，又下令加试时务，与算任选一门。
在戊戌维新运动中，废除八股是维新派的一项基主张。
百日维新中光绪帝发布上谕，指出八股不能“励实而拔真才”，下令“自下科为始，乡会试及生童岁科各试，向用四书者，一律改试策论”。
不久，又根据张之洞、陈宝箴的建议发布上谕，详细规定了考试改革的具体内容“乡会试仍定为三场。第一场试中国史事、国朝政治论五道;第二场试时务策五道，专问五洲各国之政、专门之艺;第三场试四书义两篇，五经义一篇。”
又规定“嗣后一切考试，均以讲求实实政为主，不得凭楷法之优劣为高下，以励硕而黜浮华。”
然而不久戊戌政变发生，慈禧下令废除各项新政，上述有关科举考试内容的改革也被废除。
八国联军之役后，清政府开始实行“新政”，最初计划对科举制度进行所谓“变通”，但很快就决定彻底废除。
其大致过程是11年，宣布废除武科科举考试;同年，下诏举行经济特科。
13年，经中央和地官员保举，选拔“志虑忠纯，规模闳远，问淹通，洞达中外时务者”186人，在皇宫保和殿举行了经济特科考试。
这次考试主试、复试各一场，考试内容为论一篇、策一道;现任官员取中者略予升叙，举人贡生取中者任用为知县、州佐等官。
对于科常科考试，清政府于11年8月颁布上谕，命自第二年起在乡试会试中废止八股，首场改试中国政治史事论五篇，第二场改试各国政治艺策五道，第三场改试四书义二篇，五经义一篇;其他考试均依此例。
13年3月，袁世凯、张之洞联衔上奏，科举阻碍新教育制度的实行，请求将科举中额按年递减。
据此，清政府下令自丙午16年科起，每科递减乡会试中额三分之一，三科减尽。
至15年月，袁世凯、张之洞又上奏“科举一日不废，士人皆有侥幸得第之心堂决无大兴之望”，请求从次年丙午科开始，将所有乡会试、各省岁考、科考一律停止。
这一建议得到清政府的批准，于是实行一千数百年的科举制度至此被彻底废除。
原来作为科举制度一部分的各种官和书院，也先后被废除。
11年月，清政府令“各省所有书院，于省城均改设大堂，各府及直隶州均改设中堂，各州县均改设堂”。
15年又下令裁撤国子监，设立部主管国教育行政，原来隶属于国子监的算改隶钦天监，称钦天监算，八旗官也被并入新堂。
可以看到，有清一代，不断有人对当时实行的科举制度提出批评，至清末维新变法，人们对于它的抨击更是尖锐。
从今天的观点看，清代科举制度可以存在以下弊病
其一，考试内容陈旧，引导知识分子穷毕生力从事无用之。
清代科举考试内容以四书为主，即使在当时也存在空疏无用的弊端。
清末维新派曾批评，有人甚至中了进士都不知道汉武帝、范仲淹是谁。
在这种考试制度下，士子往往以毕生力读经，而对各种有裨实用的知识无心关注，无暇习。
顾炎武曾明代士子平日只读八股稿，其他书籍一概不读，“有一好者欲通旁经而涉古书，则父师交相谯呵”，认为没有出息。许多士子皓首穷经，最终老死科场。
到了列强环伺，近代自然科和社会科日新月异的1世纪末世纪初，科举制度下的习内容就更加显得陈旧，更加不能适应时代的要求。
其二，士人受到严酷的神摧残，人格破损萎缩。
在清代科举制度下，读书、参试、做官是士人谋求社会地位、经济收入的惟一途径，因此，在各级考试中中式几乎成为他们的第二生命。
为此，科举士人往往数十年寒窗，皓首穷经，付出毕生的心血力以求取功名，但最终金榜题名者少，名落孙山者多，许多人老死科场。
乾隆四十九年会试，在参试的举人中有年届岁者一人，8岁以上者人，7岁以上者5人，结果没有一人中式。
在年复一年的各级考试中，士子须忍受各种凌辱、辛苦和神折磨。
参考士子入场须经过搜身，考场中要忍饥受冻;出场后提心吊胆，坐卧不安;及到榜发，中式者甚至如儒林外史中的范进，欣喜而至于痴迷癫狂，名落孙山者则沮丧颓废，失魂落魄，痛不欲生。
其三，使得士人成为一个寄生阶层、特权阶层和封建政权的附属物。
近代维新派思想家严复曾批评科举制度“滋游手”。
他，由于“士”不能直接创造物质财富，所以选士“必务而最忌广，广则无所事事而为游手之民”。
然而在科举制度下，却养了一大群科举士人，致使朝廷无法安置，他们自己也“无以自存”，必然导致国家“为乱为贫为弱”。
严复还明，在西国家读书识字是国民所必具的基素质，而且“四民并重，从未尝以士为独尊”。
然而在中国，“以字一门专属之士”，使得士成为凌驾于农工商之上的特权阶层。
事实也正是如此，科举士人在清代免纳差徭，有特殊的司法地位。
他们见官不下拜，举人、进士甚至可以拿自己的名片到官府要求拘押他人。
生员穿戴象征自己身份的衣冠，荣耀乡里，包揽词讼，欺压良善的事情时有发生。
封建统治者有意识地用科举功名笼络士人，钳制其思想，用一条无形的绳索将他们同封建王朝的命运连在一起。
使得他们只能在为皇帝卖命的过程
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