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建设、旧城改造等繁重的工作。
重工业部尚书，由在建设河套重工中心时表现出色的袁应泰担任。而轻工业部尚书，则由在应天担任巡抚多年，熟悉轻工业生产的李标出任。
科技部尚书，徐光启。
卫生部尚书，吴又可。
宣传部尚书，大明政治学院院长，张世泽。
原通政司主官通政使陈子壮调任外交部后，原顺天巡抚顾秉谦出任通政使。而原福建布政使孙传庭则接任顺天巡抚。洪承畴则出任应天巡抚。
都察院左都御史仍为赵彦。
这一批主官里，帝师党仍然牢牢占据核心职位，但真正的方山学校出身的师生们，已经开始崭露头角。同时，整个中央政府的各部官员，经过如此调整后，其平均年龄也从以前的60+一下子掉到了45+。
中央都是如此了，在地方上，方山学校出身的师生们，毫无疑问将会获得更多的职务。大明官场，新老交替逐步开始。朱由栋花费数十年心血培养出来的近代人才们，开始迭次走上舞台！