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却叛变，赶走杰克船长，自己做了黑珍珠号船长。
其实在第一、二部中有过描述，之前杰克跟琼斯的13年交易里，因为杰克只做了黑珍珠号两年的船长，其余的时间都被巴博萨占有了，因此成为杰克船长的复仇对象。在掠夺伊丽莎白斯旺所在的罗亚尔港的时候，他捕获了伊丽莎白，而伊丽莎白手中掌握了破除他诅咒的关键一块阿兹特克金币，幸亏后来威尔特纳和杰克船长的营救，让诅咒破除的一刹那间，杀掉了巴博萨。
后来巴博萨得以复活，当然了，那是经海神卡吕普索之手，作为交换，巴博萨船长要召集世界的海盗召开海盗大会，释放被囚禁于人形的海神。复活之后的巴博萨船长掌握着里海地区，他除了在那里掠夺金银财宝以外，还特别钟爱普通海盗没什么兴趣的西“苹果”，因为正是苹果的存在，让他可以感觉到生存和味道。在加勒比海盗3中，他会和威尔特纳、伊丽莎白一同前往世界尽头营救杰克船长，在途中，他们一同遇到了新加坡海盗邵峰船长。
中后期巴博萨船长的戏份很多，大概跟杰克船长平分秋色。很多时候，如果没有他，杰克船长的大部分笑料都不会有趣。两个人物之间的竞争关系和胡搅蛮缠是影片幽默的主要来源。而且巴博萨船长自己也从一个不讨人喜欢的反面人物，变成了一个跟杰克一样受欢迎的喜剧角色，且是不同风格的另类，经常造出笑料，还充当了一回神父。最经典的是，当他们去寻找“世界尽头”时，迷路了，大部分人这时候都很惶恐，就像里船陷入迷雾，失去向，人人都不知道该怎么办，可是他却超级冷静，还非常开心，并了一句非常有哲理的话，“迷路就对了，明接近了目地的，这种神秘的地为了不让人找到都会使人失去向，现在放弃就被打败了。”
于是看着别人抓狂，他在一边悠然自得。
第四部中前往白船湾时更鼓励皇家海军，口才一流，煽动能力更是无比。
第五部时，巴博萨船长在享受自己的美好生活时，却不料杰克斯派洛将一位经过诅咒的不死军团放出。不死军团的首领萨拉查带领不死军团寻找他们的仇人杰克，巴博萨为了保自己与船员的性命去女巫那里寻求法，之后暂时与萨拉查合作。寻找到杰克后与他在一起寻找海神波塞冬的三叉戟，为了找到三叉戟而帮杰克释放了黑珍珠号，之后发现女天家就是自己最爱却无法相认的女儿。
虽然最终解除了萨拉查的诅咒，并且在大海闭合时与女儿相认，但却为了女儿，而与萨拉查一同葬身。
其实巴博萨船长作为一个长者也是一个很幽默甚至“和蔼”的人。看到杰克船长拿超长的望远镜跟他比的时候，船长脸上是嘲讽的笑。巴博萨船长虽然坏，但他并不与杰克船长为敌。巴博萨是加勒比海盗中最具有海盗色的角色，阴险、狡诈、背叛、霸气、野心、老谋深算。
所以曹岩不会对巴博萨做什么，只会达成自己的交易，同时呢，请巴博萨为自己做件事。
于是，三天之后，曹岩驾船出海，他用黄金买了一艘船，载着周芷若和花荣当然了，还有威尔。
他们一行四人驾船来到外海，但是没往远走，而是稳稳的停在海面上。曹岩甚至将自己的内力覆盖整个船，将下面海浪的力量部梳理扭曲，让其无法威胁到自己的船。做完这一切，就开始等，等巴博萨等人的打来。如果他没记错的话，巴博萨应该就快来了。
“但是曹岩哥哥，咱们还要等多久啊，海洋这么大，如果对从别的地绕开了怎么办？如果他们根就不仅皇家港怎么办？”
周芷若一脸的担心。
“呵呵，放心好了，我的芷若妹妹，他们一定来了！”
曹岩正着呢，脸色突然微微一变，侧耳倾听后，缓缓开口道。
话音刚落，不远处的海面上，便出现了一个巨大的黑影，黑影非常高大，再曹岩等人的面前，就如同一座山一般。船速也很快，再曹岩他们的眼中迅速变大，耳边传来船身破浪的声音，曹岩集中起注意力来，静等黑珍珠号来近，来近，终于，再黑珍珠好来到曹岩面前的时候，他伸手一拽花荣，同时另一手环住了周芷若的腰肢。
“我们上！”
罢，他就好似一只大雁一般腾空而起，朝黑珍珠号的甲板飞了上去。