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到任后，总兵刘显为履行行部考核地官员的职责，要求皇帝能下一道谕旨给他，以便好节制知府以下这些地官员。由于通州同知王汝对刘显心生妒嫉刘显部驻扎通州附近，而王汝为官，不肯被刘显节制于是上书弹劾刘显，指责刘显的请求是对皇帝的不恭，是非分要求于是刘显被降职处分。
没多久嘉靖帝驾崩，隆庆帝登基。此时的刘显已经吃够了官的苦头，不敢再跟官作对，但他没料到在南京附近为将，不仅不能跟官顶牛，还要听南京守备勋臣招呼无风注：南京其实才是大明正式首都，也有六部等留守机构，但多为虚设，南京真正的三大实权巨头为：南京兵部尚书、南京镇守太监、南京守备勋臣。这也是历史上崇祯s后，南明朝廷一时之间以时任南京兵部尚书史可法为首的主要原因。，刘显因为身为武将却不知进献，被南京守备勋臣打压，非他属下兵丁数目与在籍人数相差甚大，结果刘显就再次被“革职候勘”了。
刘显到此处，脸上是愤怒：“高公子，要卫所兵丁人数与在籍人数不符，我大明数百镇，哪一镇能符？南京诸镇兵员与在籍人数相差之大，比我刘某人手下相差可大得多了，这些人何不自请处分，偏来我？”