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只是，作为江南富商世家出的读书人，李文藻却也有过一番曲折的经历。就在他高中进士的嘉靖二年（1523年），江南发生了一件大事。原来当时倭国陷入内争，诸侯大内氏和细川氏分别派遣了一个朝贡使团前来中国，希望捞取大明朝的赏赐，以及和民间做生意的好处。由于当时负责对外经贸（市舶司）的太监偏袒细川氏，引得人多势众的大内使团勃然大怒。两伙日本武士爆发了大战，大内使团在击溃细川使团之后，索性一路烧杀抢掠，劫掠宁波，之后才逃入大海。
这场倭乱，史称“争贡之役”。一百多名倭寇在江南转战百里，如入无人之境。备倭指挥刘锦，千户张镗战死，指挥袁某被掳。此事让明朝上下大为震怒。面对倭寇这种凶焰，明朝君臣们拿出了看家法宝：裁撤浙江，福建二市舶司（后恢复，但于嘉靖十一年被主张裁撤天下镇守太监的文官所彻底废除），实行严厉的海禁，对日本实行贸易惩罚，朝贡时间延长为十年一朝。同年，大明朝还与小佛朗机人（葡萄牙人）在西草湾打了一仗。两件事加起来，明朝的海禁就比之前更加严厉了。
当时的李文藻，年轻气盛。他生长江南，家族中也曾与倭人、东南亚诸藩和欧洲人长期通商。因此，以新科进士的身份，他慨然上书，主张不必那么严厉的禁海。结果，反而使他成为朝廷上的另类。连当时的同年郑晓、周延、徐阶等人，都是指着鼻子对他热讽冷嘲。更有人拿出他的商人出身大做文章，指责他铜臭熏人，全无国朝进士的体统，大有将他一棍子打翻在地，再踏上一万只脚的派头。
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