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为荷兰居留地的医生。因为西博尔德的高超医术，长崎奉行特别准许他走出居留地，为日本当地人看病，西博尔德乃成为唯一可在居留地外自由活动的外国人。
西博尔德借机在长崎开办了鸣泷塾，讲授医学和博物学。这是日本第一间高水准的西式学校，门下学生几乎都成为日后著名的兰学者。西方的科学文化从这里大规模涌进日本，最终推开了日本近代化的大门。
文政九年，即1826年，西博尔德和前来看病的商人之女楠本泷相爱，次年生下了女儿伊恩，日本名“稻”。
文政十一年，即1828年，西博尔德回国省亲，和妻子约好三年后再见。船只准备出港，幕府官员上船做例行检查，在西博尔德的行李中发现了日本地图。当时的地图是严禁出境之物，幕府震怒，逮捕西博尔德，并指控他为俄国间谍；为他提供地图的学者高桥景保入狱后被处死。
西博尔德终于幸免一死，事后他被驱逐出境，并永不许再次踏足日本国土。
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