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并非只有人类会因为神奇宝贝的个体值太低或者实力太弱而决定丢弃神奇宝贝，神奇宝贝它们也有出于各种原因选择抛弃或者离开训练师的。
动画篇里，神奇宝贝系列的主角小智，他的神奇宝贝巴大蝴就为了爱情，离开单身狗小智，跟女朋友跑路了。
反观卡洛斯的初始神奇宝贝呱呱泡蛙，它才是真的牛人，果断抛弃了无数领取它的训练师，一眼相中了来卡洛斯地区旅行的小智。
神奇宝贝本身具有的自主性，是每个训练师必须面对的。
当然，还有能在寿命上熬死训练师的神奇宝贝，它们的选择就更多了。
水系神奇宝贝卡咪龟，它有至少万年的寿命，对卡咪龟来说，可能哪天只是稍微打个盹，醒来却发现训练师居然化为黄土了。
其它神奇宝贝，比如六尾的进化型九尾，普遍拥有几千年的寿命。
芳缘地区，拥有感知自然灾害征兆的能力，被人类称作灾兽的神奇宝贝阿勃梭鲁，平均寿命超过百年。
卡洛斯地区的神奇宝贝花洁夫人，也有着几百年的寿命。
训练师一旦失去生命，神奇宝贝有出于情意，选择守护训练师后代的。
当然也有选择回归自己的族群，逍遥快活的。
但无论哪种情况，高等级的神奇宝贝被训练师收服后，它们如果不服训练师，恶意袭击训练师导致训练师死亡的事件，屡见不鲜。
正常情况下，只有训练师相当厉害，才能指挥得动高等级的神奇宝贝。
能令高等级的神奇宝贝完全听命于自己，本身就是训练师实力的表现。
“嗯，它经历过的战斗比较多，升级也挺快的。”，前田花子看了眼被熔岩蜗牛烧穿的地板，面带歉意，“那个，地板的装修费……”
虽然首先提出要在房间里战斗的是夏伯，但前田花子没有推卸责任的意思。
“不用！”，夏伯面露喜色，一摆手，直接打断了前田花子的话，“你有这种实力我高兴都来不及，怎么会责怪你？本来我还想在入学考试上帮衬你一把，现在看来，根本没有这个必要，你的实力要是都进不了，还有谁能进？”