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些许许多多的世界之后，太一决定站出来，成为幕后boss，操纵整个数码世界。并以整个数码世界为积累，成长为能够超脱世界的存在。
掌控钢铁帝国的无限龙兽只是第一个关键点。正在遵循太一的期待，努力修炼准备单兽进化成奥米加兽的亚古兽是第二个关键点。迪路兽进化成莫斯提兽则是属于后面的关键点。
而现在第三个关键点也已经完成，那就是千年兽的诞生。
按照原来的剧情，千年兽的诞生虽然同样是无限龙兽与基米拉兽的合体进化，其中甚至涉及到时间成环的概念；但是在太一决定插手之后，过程中的一切都改变了。
不知道从何时起，时间线就在太一的手中拆分了开来。千年兽，也成为了太一的千年兽。
不过，改变并不代表一切的痕迹都被消除，尤其是对于这种能够操纵时间的数码兽来说。
在另一条虚幻的时间线上，感受到自身存在逐渐被取代的千年兽发出了愤怒的咆哮。
迎着时间线的错动，一个不同于太一的千年兽的千年兽不断在时空之间穿梭，它要找到那个取代自己的同类。
去战，死战！
……