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沒有想到铀矿和铀矿之间，因为种类不同，开采和提炼出基本铀的方法还不一样。
他还以为铀矿的开采方式，与别的矿物开采差不多，关键是在提炼上有着极大的区别，单单就一个砂铀矿的开采问題，就整整的拖延了一年多的时间才完全得以解决，而砂铀矿的开采与提取，只是研制过程中遭遇到的第一只拦路虎而已。
还有离心机的仿制问題，也困扰了许久，有了图纸和核心技术，并不意味着能制造出來符合标准的同类设备，东北根据地脆弱的工业基础，使得对这两种设备的仿制迟迟无法完成，虽说在实验室内完成了基础的仿制，但是却是无法大规模的制造，直到四五年初，才在吴征铠教授带领的课題组整整四年的苦心钻研之下，解决了生产工艺的问題。
还有进行铀浓缩时候需要所消耗的巨大电力，也成为抗联的一个相当严重的负担，虽然在四二年利用美国进口的一批发电和输变电设备，在林口专门新建了一个大型的火力发电站，却依旧有些供不应求。
甚至为了满足铀浓缩的巨大电力消耗，抗联将从孙吴日军修建的火力发电站内的几台德国造的火力发电机，也调拨给了提纯工厂，并同时将牡丹江电厂新扩充的发电能力一半也调拨过去才勉强够用。
而整个研制过程，从一九四二年初全面展开，却是因为一系列的技术上难以克服的原因，以及资金投入无法充足满足需要，直到五年后的四七年才完成最后的基础设计，并提纯到足够制造第一批实验研究用五枚核弹头的核燃料，其中铀弹两枚，更为先进一些的钚弹三枚。
但是因为沒有合适的试验场，实爆实验却是始终无法开展，直到四八年底新疆完全解放后，才在罗布泊的荒原上修建了中国自己的第一个核试验基地，到一九四九年九月二十三日，真正爆炸了中国第一颗原子弹，并在四年爆炸了第一枚氢弹，完成第一次的热核实验。
与进展缓慢的原子弹相比，导弹的发展却是要快的多，在战争结束前的一九四四年，抗联的第一台火箭发动机就完成了试车，在第二年第一枚使用液态燃料，射程在九百公里的短程弹道导弹就成功进行了实验，并在四七年，即实现了实战化的部署。