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第二日，明军兵分数路，清理东番境内所有散落的尼德兰人，砸烂他们的教堂。
长期受到压迫的当地汉民和高山族人民无不欢呼雀跃，喜迎王师。
数日后，东番收到谕旨回复，朱慈烺对朱成功、甘辉、陈泽等将领在这一战中的表现进行了赞扬。
同时命令平番舰队就地驻扎东番，派遣明军在东番各地屯垦，安抚百姓，全盘接收东番。。
缴获的金银物资就地封存，作为建设东番的库存物资，缴获的枪支火炮火药匀拔给东番的驻军使用。
四月二十八日，朱慈烺带着一群官员乘坐龙舟渡海前往东番，着手组建各级行政机构，管理开发东番，部署针对南洋的战略。