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一次未被历法所预见的月蚀引起了盲眼兄弟会的恐慌，魔鬼的军队趁着月蚀的机会向帝国首都进军。这次战争就是所谓的“伊莎贝尔皇后之战”，也是英雄无敌5战役的主题。
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总的来说，这次战争的最早起因是在尼科莱国王和伊莎贝尔王后的婚礼上，魔王派去的监视者阿格雷尔，为了执行魔王的命令——保护伊莎贝尔的纯洁，好让她未来生下黑暗弥赛亚，带领恶魔族军队发动了一场进攻，破坏了婚礼。
尼科莱紧急出征，而伊莎贝尔在经过必要的训练之后，也随之赶赴战场。在拜会精灵国王阿拉伦的过程中，她误中媚姬比娅拉的圈套，被抓了起来。虽然后来被国王的舅父哥德里克解救，最终还是不能挽回尼科莱被杀的命运。在尼科莱临死前，他封自己尚未完成婚礼的妻子伊莎贝尔为女王，继续统治狮鹫帝国。
恶魔领主阿格雷尔对伊莎贝尔一见倾心，决定要保护她，并暗中帮助帝*队。他的意图被恶魔大君主发现，不得不展开了逃亡之旅。在宝物“狮鹫之心”的牵引下，他前去拜会传奇的龙骑士团成员蒂耶鲁，以求能够真正掌握自己的命运。但他的一切行动，都被拜娅拉看在了眼里。
亡灵巫师马卡尔极力蛊惑伊莎贝尔，说是可以利用亡灵巫术让尼科莱复活。在帝*队的帮助下，他入侵了术士的银色城邦联盟，并杀死了银色联盟的首领——*师赛勒斯。在战争中获取的几样宝物，被他说成是复活尼科莱的需要，其实却是为了满足他自己的野心。哥德里克对马卡尔的计划非常怀疑，并极力劝说伊莎贝尔不要被蛊惑，却没有能够成功。
阿格雷尔在被蒂耶鲁解除诅咒之后，以一个黑暗精灵的身份开始了新的人生。他成为黑暗精灵一个氏族的首领，并征服了几个敌对的氏族。之后，他觉察到从前的同伴——恶魔军队有新的动向，于是决定进行追击，并继续保护伊莎贝尔。他追上了伊莎贝尔和马卡尔之后，劝阻伊莎贝尔不要相信马卡尔，但是伊莎贝尔不听，执意要复活尼科莱。
尼科莱被复活，成为了一个吸血鬼。而在精灵王国方面，英雄芬丹受命率军抗击恶魔的入侵。在这个过程中，令人感到不幸的是蒂耶鲁的死去，恶魔军队暗杀他，显然是为了阻止某些秘密被揭示。
赛勒斯的儿子泽希尔是一个还需要磨炼的法师，但他出众的天赋使得他很快就光复了被亡灵军队侵占的银色城邦。之后他为了蒂耶鲁的预言——伊莎贝尔将会为恶魔大君主诞下恶魔救世主，令整个世界陷入混乱和血腥——而联合了几个其他势力的英雄，共同去解救伊莎贝尔。但是，对伊莎贝尔驱邪的仪式失败了。虽然众英雄最终打败了恶魔大君主，抢回了伊莎贝尔，但却未能除去伊莎贝尔身上的魔性。恶魔救世主的诞生已不可避免。