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到李成栋败亡后，马宝同大顺军余部刘希尧合流，在粤西北独立抗清，渐渐展现出了卓越的军事才华。
并在李定国进入湖南后，配合李定国在粤西北、湘南一带取得大量胜利，钱澄之甚至记载敬谨亲王尼堪就是被马宝亲手斩杀。
此后一直到南明覆灭为止，马宝都作为李定国的副将，展现出了独当一面的军事才华。南明覆灭后他率部投降吴三桂，三藩之变后，马宝即作为吴周政权的重要大将，数次歼灭清军，甚至取得了永兴大捷这样尽歼清军一个战略兵团的胜利。
可惜老迈的吴三桂无法利用马宝取得的战役胜利，吴周政权还是渐渐覆灭，马宝则为保全部众而慷慨赴死，向清军投降，被押解至京，凌迟处死。