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利多教授相信了哈利波特和赫敏格兰杰的说辞，让两人通过时间转换器回到过去，救下将被处决的鹰头马身有翼兽巴克比克。随后哈利波特用呼神护卫驱逐了大批摄魂怪，救了原来的自己，又和赫敏格兰杰一起骑上巴克比克，救出小天狼星布莱克，让他骑着巴克比克逃走了。
1994年，三强争霸赛复办，其中加上了额外几项安全措施，最重要的一项是年龄未满17周岁的学生一律不得参赛。但是，小巴蒂克劳奇利用复方汤剂伪装成时任黑魔法防御术的教授阿拉斯托穆迪，将真阿拉斯托穆迪塞进了他自己的行李箱里。小巴蒂克劳奇用混淆咒迷惑了火焰杯，将哈利波特的名字投入火焰杯中，并使他被火焰杯选上。结果，哈利波特成为了第四个参赛者，同时面对布斯巴顿魔法学校学生、德姆斯特朗魔法学校学生及许多霍格沃茨学生的憎恶。小巴蒂克劳奇利用种种手段帮助哈利波特赢得比赛，最后将三强杯变成门钥匙，使哈利波特和霍格沃茨另外一位勇士塞德里克迪戈里一触摸奖杯就被送到伏地魔手上。塞德里克迪戈里惨遭小矮星彼得的杀害，而伏地魔成功利用哈利波特的血液制成特殊魔药重新恢复肉身。经过一番恶斗后，哈利波特把塞德里克迪戈里的遗体带回霍格沃茨学校，小巴蒂克劳奇见状，意图杀害哈利波特，结果被阿不思邓布利多击昏。哈利波特的陈述和小巴蒂克劳奇的供词使阿不思邓布利多知晓了伏地魔成功恢复肉身的消息，但魔法部长康奈利福吉却拒绝相信，导致阿不思邓布利多和康奈利福吉决裂。
1995年，魔法部开始诋毁、抹黑阿不思邓布利多。多洛雷斯乌姆里奇，新任黑魔法防御术教师，是这个计划的中心。按照魔法部的指令，多洛雷斯乌姆里奇在黑魔法防御术教学中，拒绝向学生教授防御符咒的内容，同时蓄意惩罚哈利波特。在赫敏格兰杰的谋划下，哈利波特成立了邓布利多军简称，带领一些学生学习被魔法部禁止学生学习的防御符咒。在一连串的教育令之下，多洛雷斯乌姆里奇出任霍格沃茨高级调查官，慢慢地接管了霍格沃茨学校的各项事务。由于内部成员的背叛，多洛雷斯乌姆里奇抓住了的领头人哈利波特，阿不思邓布利多替哈利波特揽下罪责并逃离霍格沃茨。魔法部通缉阿不思邓布利多，并由多洛雷斯乌姆里奇替换阿不思邓布利多成为校长但未被学校承认，导致多洛雷斯乌姆里奇无法进入校长办公室。之后，她在禁林被马人攻击并虏获。神秘事务司之战后，魔法部长康奈利福吉接受伏地魔回来了的事实，多洛雷斯乌姆里奇被停职，阿不思邓布利多重任校长。
1996年，魔法界的形势十分严峻，伏地魔麾下的食死徒公开进行活动，谋杀、失踪和破坏时常发生。几名食死徒在霍格沃茨六年级学生德拉科马尔福的安排下进入了学校，攻击了学生和老师。校长阿不思邓布利多被西弗勒斯斯内普杀死西弗勒斯斯内普是遵照了阿不思邓布利多的指令。出于安全的原因，学校面临着被关闭的危险。
1997年，西弗勒斯斯内普按照伏地魔的指令成为校长，学校继续上课。
不管学校董事会后来作出了什么决定，由于伏地魔接管了魔法部，因此所有少年巫师都必须进入霍格沃茨学习。同时，学校要求学生提供血统证明，表明他们已向魔法部证明自己的巫师血统，才能获准入学。这样，伏地魔就能把所有的巫师从小就置于他的监视之下，同时清除麻瓜出身者，包括那些在收到通知前并不知道自己是巫师的十一岁的孩子。他们可能永远也见不到霍格沃茨，甚至永远也见不到自己的家人。
麻瓜研究变成了必修课程，主要讲述麻瓜们如何卑鄙恶劣。而黑魔法防御术则变成**裸的黑魔法课，要求学生学习使用非法的诅咒。西弗勒斯斯内普被任命为校长，而阿莱克托和阿米库斯卡罗则分别成为麻瓜研究和黑魔法课的教师，同时也成为斯内普的副校长。这是一段及其恐怖的时期，没有人有把握说谁是朋友，而谁又是敌人。黑魔法防御术教师由阿米库斯卡罗接任，麻瓜研究教师则由阿莱克托卡罗接任两人均为伏地魔指定的食死徒。哈利波特、罗恩韦斯莱、赫敏格兰杰三人逃学去寻找并摧毁伏地魔的魂器。后来，哈利波特回到霍格沃茨，寻找并摧毁剩余魂器，伏地魔得知后，率全部食死徒和巨人赶来，哈利波特率教师、学生、凤凰社、邓布利多军等奋起抵抗，1998年5月，霍格沃茨保卫战爆发。西弗勒斯斯内普因老魔杖的归属问题，遭到伏地魔杀害西弗勒斯斯内普其实是凤凰社的间谍，为阿不思邓布利多效力，但伏地魔并不知道这一点，哈利波特摧毁了全部魂器，在最后决斗中杀死伏地魔，带领众人取得霍格沃茨保卫战的胜利。
和平的曙光终于到来，米勒娃麦格教授接任校长一职，哈利波特成为了战后英雄，在战斗中，霍格沃茨城堡被严重破坏。潜逃的黑巫师食死徒仍在逍遥法外，打击余孽，肃清魔法界的工作仍然十分艰巨。
霍格沃茨在战后已经被修复，而在2017年时早已重新开学。米勒娃麦格还是校长，学校的四个学院仍然存在，许多之前学生的子女也开始进入霍格沃茨上学。纳威隆巴顿在从傲罗的位置上退下来后成为了学校的草药学教授，还有许多拥有魔法天赋的孩子也被招入院中。
必修课
魔药学：学习制造有魔法效果的混合物。要想正确地制作出魔药，必须正确地混合配料，按照要求搅拌，并把握好合适的时间和适宜的温度。
魔法史：学习关于魔法世界的历史。包括：妖精叛乱、巨人战争、国际保密法的起源等。
天文学：与麻瓜世界中的学科完全相同的科目。天文学在天文塔上课，这里是霍格沃茨城堡最高的塔楼。课程的内容包括：使用望远镜观测夜空。天文课每周在午夜时进行，一年级的学生则在星期三上这门课。学生需要学习的内容包括：行星、恒星和星座的名称，以及它们的位置、轨道和环境。观察行星和恒星方位，运动轨迹和各星之间的影响。
草药学：了解魔法植物，并学习如何照料、使用它们，并防止被它们伤害。这门课在霍格沃茨城堡外面的温室进行。
魔咒课：学习一些常用咒语的作用和使用方法。魔咒学的课堂上是出了名的嘈杂和混乱，因为这门课需要大量的实践与练习。魔咒课的教室位于霍格沃茨城堡的三楼。
黑魔法防御术：学习防御型魔法、让自己免受黑魔法和黑暗生物伤害的科目。
变形学：变形术是改变对象形状或外观的魔法分支，而这也是这门课程所介绍的内容。变形学是一门基于理论的科目，教学的咒语包括：转换咒给对象的一部分变形，比如让人长出兔子耳朵、消失咒让对象完全消失、和召唤咒让对象凭空产生等。这类咒语可以把无生命的对象变成有生命的对象，反之亦然。
限定必修课
飞行课：一年级新生的必修课。从如何拿起飞天扫帚开始，学习最基本的飞天扫帚飞行技巧。学校提供二十多把老旧的飞天扫帚，这些扫帚的质量不尽理想，有的飞太高时会瑟瑟发抖，还有的总是微微向左偏。
幻影移行培训班：幻影移形是魔法世界中长途旅行的一种方式。六年
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