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司官职效秦汉官制，中书阁以中书令、中书侍郎为主辅官，秘书阁以秘书令、秘书侍郎为主辅官，内书阁以内书令、内书侍郎为主辅官。
军务院以丞相、大司马为主辅官。政务院以相国、大司徒为主辅官。法务院以相邦、大司寇为主辅官。监察院以首相、副相为主辅官。财务院以宰相、次相为主辅官，内务院以首辅、次辅为主辅官。
三十九部设尚书、侍郎各一人，各有司设司丞、郎中各一人，下设书令若干，视各司军政事务而定。命徐渭为中书令，沈鲤、田如水为中书侍郎。命曹学佺为秘书令，孙承宗为秘书侍郎，命徐光启为内书令，石姌为内书侍郎。
命林江为军务院丞相，王安海为大司马。命赵明朗为政务院相国，王汝训为大司徒。命袁可立为法务院相邦，郑月娘为大司寇。命李毅为监察院首相、**星为副相。命王平安为财务院宰相，石星为次相。命刘丽娘为内务院首辅，李光缙为次辅。其余各部各有司官职另行颁布。”
汉朝廷权力机构开始重组，更换了一半官员，同时也提拔笼络了不少前明官员，王汝训、沈鲤、**星、石星等一众官员被提拔重用，达到笼络人心。