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使得五军督府自称一体系，跟兵部相合管理天下兵马。按照职能划分，枢密府实际上可以叫做总参谋府，只是为了彰显它的地位，让功成身退的宿将们到枢密府养老，发挥余热的地方。这样才不会使得武官的职位可以升到朝廷zhèng fǔ，而不是一辈子都在地方上。
总兵官的职位也固定了下来，属于从二品。各地驻军总兵官与地方巡抚平级，不受地方节制。驻军总兵官任期三年，同时朝廷为其在京师置办宅邸，三年后将按照表现进行升调。至于不能在本省做总兵官等等条件限制几乎与巡抚一致，可以说巡抚是地方上的封疆大吏，而总兵官将是军队的一方实力人物。
再往下看，众人才觉得此番改制实际上也是上次的继续。将巡抚一职定下后，都指挥所纳入了地方，同时理顺了地方跟朝廷zhōng yāng的关系。虽然迫于品级，使得布政使这一级的的文武官员的品级都掉了一级，但是所得的俸禄不减反而加了，是以当时也没有引起什么轰动。由地方到军队，竟是一步步的进行。
这么庞大的改制，不用说就是皇上再后边主持，孙承宗不过是一个出头人而已！钱龙锡跟李长庚老持稳重早想得明白，是以对军队的改制方案算是默认了！