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逆者发动了叛变，他们竟然想要分割宇宙树，想要找出宇宙树的秘密，成为更加高级的存在。
由于宇宙树对自己创造生命相当信任，因此守护力量十分薄弱，也导致了叛逆者的计划差点成功，所幸最后关头宇宙树的守护兽抵挡了叛逆者的进攻，争取时间，直至战斗兽和守护种族也加入到战斗中，那场毁灭性的战争就此拉开的序幕……
这场战争蔓延到整个宇宙，摧毁了无数的文明和种族，在最后的战役中，叛逆者取得了优势，宇宙树不得不发动最后的攻击手段，瞬间消灭了大部分的叛逆者。而剩下的叛逆者，宇宙树无力消灭他们，也不忍消灭他们，于是便用最后的力量，在宇宙中布置了一个超级巨大的空间阵法，宇宙被分割出一块广大的空间来被完全封印，那些残余的叛逆者，以及一些来不及撤离的守护种族、守护兽都留在了这个空间中，这个空间被称做封印宇宙。
这个基地中的记录都是那时候的守护种族留下的，完成这些记录之后，他们就离去了，为了挽回即将枯萎的宇宙树，这些守护种族将自己的生命献给了宇宙树，宇宙树才得保存，没有枯萎，而是陷入长久的休眠状态。
这日，李缄正在设计新飞船的内部构造，基地的探测器探测到有高等生命接近，李缄便让智脑播放图像。舒妤和凌凌两人出现在探测屏幕上，两人寻找着什么，而且都十分焦急的样子……！