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看炮弹爆炸效果，就地进行改进然后试射。
内城旗人士兵、百姓虽然抵抗十分凶猛、顽强，但抵不住太平军庞大的人力、炮火优势。萧云贵又将各军新兵轮批派上阵去，以车轮战术消耗清军，同时锻炼新军的战斗意志。就这样，内城惨烈的战斗持续了数日，旗兵在太平军不间断的攻打之下，竟有人在城头守御时力尽气竭而死。
随着城内旗兵、百姓日益疲累，城内的粮食、火药及各种守城器物日渐稀少，一股绝望的气氛笼罩着满城，每日战斗间隙，总能听闻满城内旗人们的啼哭之声，每日也都有精神崩溃者从城头跳下自尽。
第五日上，太平军集中炮火轰击一处城墙，竟将此处城墙轰塌，太平军各军趁机挥军猛攻，一举突破此处城墙。太平军突入内城，清军主帅江宁将军祥厚自刎、副都统霍隆武力竭阵亡、江南提督福珠隆阿战死，其余清将均为太平军所杀。太平军此役阵亡八千余人，伤近万人，比起自长沙分兵以来历次战役伤亡人数总和还要多，是以太平军深恨旗人，在全城开始捕杀旗人，并张贴告示云，但有擒得旗人者，赏银五两。于是城中的汉人都起来搜捕追杀旗人，旗人二万余人几乎全部被杀，太平天国西殿太平军在付出两万人伤亡的惨痛代价后，全面占领南京。