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除了各地的陆基导弹发射井，GDI还动用了各种各样的导弹发射车，还有核潜艇。导弹发射车目标较小，发射井数量多，天空中的凤凰飞船一时没法消灭，但是核潜艇却很快就被凤凰飞船发现了。
“启动卫星磁场扫描……嗞……发现异常铁磁信息，疑为核潜艇，锁定目标……警告，敌方核潜艇发射潜射导弹！”
此时，GDI核潜艇发射的潜射导弹已经露出海面，迅速上升，可惜这些可怜的小导弹已经被凤凰飞船锁定了。
“激光防御系统——开火！”顿时，一道道防空用的激光发射而出，瞬间摧毁了GDI核潜艇所发射的导弹！没办法，敌方核潜艇数量不多，导弹也不多，凤凰飞船数量还要多一些，这么点导弹自然在发射的前期就被拦截了。而且，这些核潜艇发射导弹之后，潜艇本身已经被凤凰飞船锁定了。
“嗞……发射高空反潜导弹……”高空反潜导弹上安装了超精确的磁场探测仪，可以锁定浅层的潜艇，并可从卫星平台上对潜艇进行打击。GDI潜艇不出来还好，现在出来了，就算知道自己被攻击，也没法在短时间内潜入深水中躲避攻击。导弹发射出去了，数分钟后这些核潜艇将会沉没，但现在凤凰飞船可不能闲着，也没空继续管这些核潜艇，因为——GDI的导弹雨来临了！