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军派飞机向碾庄空投对空联络电台，飞机在碾庄上空发生故障而坠毁，飞机上的空军通讯科少校科长跳伞落到碾庄，进一步密切了陆空联络，黄焕然喜形于色，叫道：“天助我也！”
11月13日，解放军继续猛攻，由于黄焕然兵团四个军八个师近十万人，集中在方圆仅十里的地域，使解放军擅长的穿插分割，逐一消灭的战术无法实现，只能逐村逐屋争夺。尤其是黄焕然兵团中的第64军，虽是广东军，但极善防守，往往把地堡作为诱饵，并不布置部队，而是在地堡两侧的散兵壕里部署小部队，专门以火力杀伤企图爆破地堡的爆破组。村里的防御工事射击孔大都贴地而建，难以被炮火摧毁，有的工事还筑成夹墙式，当解放军突破后，再从后面进行射击。村落一被占领，立即组织炮火实施密集轰击，然后进行反击。还适时召唤空军轰炸解放军攻击出发阵地，以瓦解解放军的攻势。在这种战术面前，解放军伤亡极大，如6纵攻击64军唐家楼阵地，6纵作为华野攻坚力较强的部队，投入两个主力团经一夜激战，以伤亡过半的代价，才攻下半个村子。
11月14日，对黄焕然兵团的攻击已连续三天，虽攻下多个村庄，歼灭第44军、100军大部，第64军、25军一部。但是，攻击部队的伤亡较大，进展也比预计的缓慢。同时由于部队在前一时期追击黄焕然兵团时，前进太快，加上战斗激烈弹ya消耗很大，后勤补给发生了困难。有的部队已用完了所携的三个基数的弹ya，粮食供应也有脱节，有部队已把当地群众的麦种甚至杂粮吃完，为此，粟Y急令后方火速运送弹ya、粮食。鉴于战斗进展迟缓，粟Y于当晚召集攻击部队的纵队司令会议，研究战况。针对黄焕然兵团中第25军、64军战斗力较强，第44军、100军较弱，决定采取“先打弱敌，后打强敌，攻其首脑，乱其部署”的战法。为减少伤亡，实行土工作业迫近敌军阵地，插入各村之间，再逐一消灭。并将特种兵纵队和各纵的重炮共八十门，集中编为三个炮兵群，分别支援三个方向的攻击。攻击集团由山东兵团谭副政委，王副司令统一指挥。毛泽D也十分关注碾庄战况，对于伤亡情况特别要求作十万人伤亡的准备，坚决消灭黄焕然兵团。
11月15日，根据中央军委诱歼邱、李兵团的部署，攻击黄焕然兵团的部队暂停攻击，乘机抓紧这一时间，整顿部队调整部署，组织火力，并加紧近迫作业，准备新的攻击。
11月16日，谭副政委下达攻击命令，9纵由南向北主攻碾庄圩。8纵以一部监视大小院上、三里庄一线的64军，主力协同第4、9纵队从东南面攻击碾庄圩。如在攻击碾庄圩时64军前来增援，8纵则坚决将其消灭。4纵以一部由西向东攻击碾庄圩，主力监视尤家湖的25军，如在战斗中25军前来增援，将由4纵将其消灭。13纵先肃清前黄滩，然后将主力集结于碾庄圩以西，担任预备队，视情况从4纵突破口投入纵深战斗或截击向西突围之**。6纵先攻占后黄滩，然后将主力集结于碾庄圩西南，担任预备队，视情况从9纵突破口投入纵深战斗或截击向西南突围之敌。黄昏时，各炮群开始火力急袭，然后在坦克掩护下发起攻击，由于没有步坦协同经验，起初攻击未果。解放军重新组织，以每晚攻占一两个村庄、歼敌一个团到一个师为目标，逐点攻击逐村争夺。
11月17日，**参谋总长顾墨三亲自乘飞机飞临碾庄圩上空，用电台与被视为自己心腹的黄焕然通话，为其鼓励打气，告之外线邱、李兵团遭到顽强阻击，难以前进，要他在必要时率部突围，与邱、李会合。但是，黄焕然一直认为自己既不是黄埔系，又不是江浙人，蒋总统给他的总统府通行证编号为17号，比有些嫡系将领还要前面，这说明蒋总统对他的信任之重，所以在历次作战中都是竭尽全力，攻守得当。此次陷入重围，已抱必死之心，决心凭借战斗力较强的25军和64军，死守到底。