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海军下辖的陆战队也不归属于陆军。空军还下辖雷达团，空降伞兵，运输补给等兵种，也不归属其他兵种。不过在战时，乃至在当前的训练中，三军已经加强联合的意识和针对性。
全军整编几乎没有遇到太大的障碍，虽然无论是张学良，还是阎锡山，以及新桂系的李宗仁等在嫡系军中具有很强的影响力，但是相对于华飞对全军的掌控与威信，他们的那点影响力，还是不足以与之对抗的。如此一来，整个国防军进行了系统的大整编，并按照既定的计划进行重新的部署。只是在部署军队数量上，北方军区的军队无论是数量还是质量，都明显比计划书上侧重。
经过十几年的努力，华飞终于做到了全面掌控中国的军队，把军权牢牢地控制在手中。然而这对华飞来说并不是目的，而是手段，而是为了推进国家的稳定和统一，建设一个强大国家所必须的先决条件。
天下没有不透风的墙，即使国防军的整编动作非常低调，但还是瞒不过那些无处不在的记者们的摄像机。陆军的整编尚且好些，更多的人把他理解为中国内部的权利之争。但是中国海军下水的航空母舰被一位美国记者拍到并在报上刊发后，各国掀起一股不小的讨论**。尤其是日本军方，反应极为激烈，对政府施加强大压力，让刚刚取得微弱成果的谈判努力全面付诸东流，一切谈判再次陷入停滞。
日本政府的发言人说，中国丝毫没有谈判的诚意，他们一边在派出谈判代表，一边却继续扩建军事武装，并未放弃与日本对抗，敌视日本的政策。对此日本完全不能接受，中国想要重开谈判，必须放弃在军事上的扩张！
针对日本政府的宣言，这次南京给出的反应再次超出所有人的意料。南京没有像上次的那样，继续在恢复谈判上作出努力，而是立即召回日本的谈判代表团，并很快召开记者新闻发布会，而且令所有记者们疯狂的是，华飞将出席新闻发布会，针对中日谈判的破裂，发表相关看法和接受记者的提问。