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不过就是一个匹夫罢了！因他守卫边疆，官至都督，满门封荫，酬劳足够了吧？他竟然敢欺骗朝廷，无法无天！我们要五年平奴，就要奉行列祖列宗制定的国法，今日不斩文龙，何以惩后？皇上赐给我尚方宝剑，正是这个原因。”这些人吓得唯唯诺诺，不敢仰视。
袁督师叩头请旨道：“臣今诛文龙，以肃军政。镇将中再有如文龙者，亦以是法诛之。”又说：“臣五年不能平奴，求皇上亦以诛文龙者诛臣！”袁督师宣谕后，立即取下尚方剑，令水营都司赵不忮、何麟图监斩，令旗牌官张国柄执尚方剑，斩毛文龙于帐前。这时毛文龙的兵将在帐外汹汹，但袁崇焕军威严肃，且事出意外，这些兵将还不敢挑起正面冲突。
袁崇焕计斩毛文龙后，命将毛文龙的遗体，装棺安葬。
袁崇焕亲自到毛文龙灵柩前拜祭，祭奠其亡灵。祭词云：“昨日斩尔，乃朝廷**；今日祭尔，乃僚友私情。”遂下泪祭拜。
只杀毛文龙一人，其余不问，照旧任职。这样就稳住了东江的局势。皮岛的副、参、游、都、守等官员，不下千员，既多又滥。如旅顺参将毛永义所管3600员名，经过袁崇焕亲自点核，能为兵者，不过千人。因此，对毛文龙的部众，进行核查整编。分东江官兵为四协：用毛文龙之子承祚管一协，用旗鼓徐敷奏管一协，另二协由东江各官举游击刘兴祚、副将陈继盛二员分管。将毛文龙的印与剑、以及东江的事权，令副将陈继盛代管。
分赏东江官兵。将带来饷银10万两，分给各岛官兵。安抚各岛军民，释放狱中无辜。袁督师核查，毛文龙虽曾经夸口说有众数十万，其实官兵不过2万人，不需设一“赘帅”，因此上疏请求皇上，应停此缺，“省糜费而杜隐忧”。
移咨朝鲜国王。向朝鲜国王李倧，通报此事。立即奏报皇上。
袁督师处理完东江事后，于五月初九日，扬帆回航宁远。