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真菌界
真菌没有光合色素，除粘菌的吞噬营养外，都是以吸收外界有机物质为生，故是腐食性营养或吸收营养。
真菌界分为2个亚界，即粘菌亚界和真菌亚界。
1.粘菌亚界
粘菌生长在阴湿土壤、木块、腐朽植物体、粪便等上面，细胞没有壁，单核或多核。原生动物学家根据粘菌有变形虫样的单细胞阶段，并能吞食固体颗粒，主张把粘菌放入原生动物之中。但是粘菌有多细胞阶段，它们除吞噬营养外，也能吸收有机物，所以真菌学家也欢迎它们。已知粘菌约有500余种。
多头绒泡菌（Physarumpolycehalum)
在腐朽树干树皮下常可找到，营养期呈裸露的多核原生质体，即原质体（Plasmodium）。原质体靠伪足运动、取食，很像原生动物。条件不利时（寒冷、干燥等），原质体产生包有坚实外壳的菌核，可潜伏多年。条件好转时，菌核又成原质体。原质体的生殖结构为果体，每一原质体可产生多个果体。果体顶端为孢子囊。孢子囊内细胞核经减数分裂而成孢子（n）。孢子有纤维素的细胞壁，这是和植物相同的特性。孢子萌发而产生带有2根不等长鞭毛的配子。配子两两融合，失去鞭毛而成合子（2n）。合子的细胞核连续有丝分裂而成一个多核细胞，即原质体。原质体可互相融合而成大的原质体（可长达25cm）。
盘基网柄菌(Dictyosteliumdiscoideum)
这是一种不成原质体的粘菌。它的营养期是单个的单核变形细胞。它们以土壤中的细菌或腐烂颗粒为食，分裂产生多个变形细胞后，这些细胞分泌“聚集素”（即cAMP）而互相吸引聚集成多细胞团块，称为假原质体（pseudo-plasmodium）。假原质体成熟后产生果体和孢子。孢子也有纤维素外壳。
2.真菌亚界
真菌和细菌一样，也是自然界中强大的有机物分解者。它们以动、植物尸体、枯木烂叶为食物源，也可侵入活的生物体内摄取营养。有些真菌可和藻类等他种生物组成互利的结合体，如地衣、菌根等。
除酵母菌等少数单细胞真菌外，大多真菌是多细胞的。这些真菌形态上的一个共同特征是菌丝。真菌的身体其实就是分支或不分支的菌丝或由菌丝构成的菌丝体。菌丝是特殊形式的细胞，可长可短，其中有细胞核和细胞质。有些真菌的菌丝中有横隔，将菌丝隔成一系列细胞，每细胞中或有一核或有二核，随不同真菌而不同。有些真菌的菌丝中无横隔，菌丝成为一个多核细胞。多数真菌细胞壁的主要成分是几丁质。
水霉（Saprolegnia）这是寄生在鱼或其他水生动物体表的真菌。鱼体表出现的成片白毛即是水霉的菌丝。菌丝中有多个细胞核，无横隔。菌丝壁主要是一种不同于纤维素的多糖。水霉的全身就是一团菌丝，相当于一个多核细胞。一部分菌丝伸入到寄主的组织中去，吸收营养物，可称为假根，长在外面的菌丝顶端膨大而成孢子囊，从中产生多个有2根鞭毛的孢子。孢子游到新的寄主身上，发育而成新的水霉。菌丝顶端还可发育成精囊和卵囊。两者总是很靠近，精囊中的精子核进入卵囊和卵融合而成合子。合子脱离卵囊，发育而成新菌丝。
水霉的细胞壁不含几丁质而是由多糖构成，水霉的孢子有鞭毛，这些都是水霉有别于其他真菌之处。
接合菌纲（Zygomycetes）：陆生，如黑根霉（Rhizopus)
黑根霉的孢子是黑色的，所以菌体成熟时，满布黑色小粒。馒头、面包上的黑色毛样霉即是黑根霉。
黑根霉的菌丝多核，无横隔，只在形成生殖器官时才以隔分开，菌丝壁主要成分是几丁质。黑根霉的有性生殖和水绵的接合很相似。2个不同接合型（以十、一表示）的菌株靠近，菌丝上生出侧枝，侧枝顶端膨大而成配子囊。配子无鞭毛。2个不同接合型的配子囊互相接触，融合为一，其中配子两两融合而成多个合子。合子经过一段休眠后，减数分裂而成多个单倍性核，其中一个发育成新的菌丝。菌丝成长，顶端发育成孢子囊，产生无数黑色孢子。孢子再萌发成新的菌丝（n）。所以黑根霉的生活史中只有合子是二倍性的，其余阶段，包括菌丝，都是单倍性的。
子囊菌纲（Asycetes）：这是真菌中最多的一类，约有30000种。我们熟知的酵母菌、青霉、遗传学中使用的研究材料红色面包霉，以及药用的冬虫夏草、为害禾谷类的白粉菌、赤霉菌等都是子囊菌。
子囊菌一生从无游动细胞，它们完全适应了陆生环境，既无游动孢子，也无游动配子。子囊菌的菌丝有横隔，但横隔上有孔，细胞质可过孔流通。各细胞中有一或多个核，核也可过孔流通。细胞壁的主要成分是几丁质，也含葡聚糖。
大多子囊菌是“雌雄”（+、-）异株的。在有性生殖时，+、-株菌丝顶部膨大，很多细胞核集中其中。两菌丝膨大部分靠拢融合为一，但其中细胞核不融合，而是+、-核两两相对，萌发产生新菌丝。这些新菌丝的每一细胞中也各含+、-两核，可称为双核菌丝。双核菌丝分支，末端细胞分化为子囊母细胞，其中+、-两核融合为一。这个合子核减数分裂生成8个单倍性核。各核发育而孢子，即子囊孢子（ascospores），此时的子囊母细胞即是成熟的子囊（ascus)
子囊菌的迅速大量繁殖主要是靠无性生殖，无性生殖产生的孢子称为分生孢子。
青霉（Penicillium）。是分布广、生活能力很强的子囊菌。菌丝淡绿色。菌丝顶端有分叉之支，如埽帚状，各小支末端有一串分生孢子。分生孢子落地萌发而成新菌丝。青霉素是从点青霉（P．notatum）和黄青霉（Chrvsogenum）提取出来的。
曲霉（Aspergillus）。和青霉相似，分生孢子梗不分支，而成圆球形。制造酱油所用曲霉为米曲霉（A.orygae）。
红色面包霉（Neurosporacrassa）寄生在面包、糕点上，分生孢子紫红色，子囊中含8个子囊孢子。是生化遗传学研究的材料。
冬虫夏草（Cordycepssinensis）寄生于鳞翅目幼体内。成熟时昆虫死亡，从昆虫头部伸出一根肉质的“草”，实即菌丝的有性生殖部分，其中充满子囊。
担子菌纲（Basidiomycetes）：这是我们最熟知的一类真菌。蘑菇、木耳以及植物的各种锈病菌都属担子菌，共有25000余种。
担子菌的主要特征是有担子。担子相当于子囊菌的子囊，能产生担孢子。每一担子上通常生长4个担孢子。和子囊孢子一样，担孢子也是二倍性的细胞核减数分裂产生的。
蘑菇（Agaricus）食用部分是“果实”，称为子实体（担子果，basidiocarps）。用手轻拍成熟的蘑菇，从蘑菇底面散出的小颗粒就是担孢子。担孢子萌发而成菌丝。菌丝内有隔，隔上
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