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水军主要存在于巴蜀一带，而在统一后则广建于故楚各地，规模十分宏大。
秦国水军的战船主要分为大型的楼船和轻捷的艨艟、斗舰等两类，以便在江河作战时大、小部队及轻、重战舰之间互相配合。
秦国水军的武器装备也是相当齐全，除水战特用的钩拒等武器外，凡陆地上作战使用的弓弯、长短兵器、火攻用具等无不皆备。
水上战斗时远则以矢弩交射；近则以钩拒、五兵进行攻守格斗，实施猛烈的冲角战和船舷战；一旦有机可乘，便施以火攻。
同时，秦国水军也不仅仅担负水上作战的任务，它实际上是江南水泽地域的综合性兵种，除水上战斗外，登岸野战、攻城守险等无所不能，战于水上则相当于车、骑，战于陆上则相当于步兵。
当初，始皇帝发动五十万大军南征，出动的相当一部分军队就是楼船士，在秦始皇第五次出巡天下时，也曾一度在水军的护卫下，长途航行于海上，并亲手以连弯射杀巨色。这些都说明了秦时的水军已经具有海上作战的能力，并有效地控制着东部沿海的海防。（以上部分资料来自于网格，汗）
不过，在大动荡战乱之中，秦国强盛的水军一样没有逃脱被支解衰落的结果，在缺少了中央政府有力的财政支持之后，主要由楚、齐、吴、越等地将士组成的秦国水军也消弥于连番的烽火烟尘之中。
当国家重新归于一统之时，为了重现昔日大秦的荣耀与辉煌，也为了保卫和震慑秦国的海疆，组建一支强大的水军正是众望所归。