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拉达克国王加木样南杰立即对古格王朝宣战，这场战争断断续续打了十五年。
对于谁违背婚约，双方各执一词，但从拉达克国王加木样南杰恼羞成怒、立即宣战的事实来看，应该是赤扎西扎巴德毁约，否则，“倒打一耙”的招数，除了汉人，这些极度落后、全民信教的拉达克王朝应该不会使用，况且，当时两国之间的战争，拉达克王朝还是胜少负多。
这一场不死不休的战争，最后以古格王朝的灭国而结束。
但是，古格王朝的灭亡，还与国内的内乱有关。
内乱的原因，是古格王朝内藏传佛教盛行，大量的青年进入寺庙修佛，这些修佛的青年男子，不耕田地，不服兵役，也不结婚生子，而寺庙又占据国内的大量良田且不纳赋税。
古格王朝对内发展生产，对外与邻国打仗，都需要人力、财力，随着藏传佛教势力的扩大，国王与佛教首领之间的矛盾日益尖锐。
为了维护王权，赤扎西扎巴德对藏传佛教进行了严厉的打击，他拆毁许多寺庙，没收寺庙的田产，强迫寺中的僧人还俗。
僧人们也不坐以待毙，以赤扎西扎巴德的弟弟为首的大喇嘛，利用自己的影响，四处秘密联络，他们利用古格王朝百姓厌恶与邻国进行长期战争的情绪，广泛发动百姓，同时还串联了地方官员和军队中的军官，伺机起来进行反对国王的斗争。
大明崇祯三年（公元160年），喇嘛们趁赤扎西扎巴德患病的机会，发动大规模武装暴动，并且邀请拉达克王朝出兵。
拉达克新任国王森格南杰接到讯息后欣喜若狂，亲自率兵迅速赶到扎不让，在喇嘛们的接应下，包围了古格王宫。