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对于这样的职务，朱由本来觉得无所谓，但他考虑到，大明军人的地位肯定会提升，如果士兵将来只认识自己的将军，不认识皇帝，将军们就可能拥兵自重，设立大元帅一职，让士兵与军官随时想到，皇帝、大元帅才是军队的最高指挥官，所以也就当朝接受了国防院的加封。
国防院做出解释，实行军衔制，并不是给士兵和军官加薪，前段时间大明进行了北伐和南征，战争结束后，对前线的将士除给与物质奖励外，还根据战场的表现评定了战功，但大明使用了新式火器，将士战死的情况很少，因此，军官升职一事就异常为难。
比如，一名旅长积累了战功，按律应该晋升为副师长，甚至是师长，但副师长、师长都在原位，其他军队也不缺副师长、师长，便无法安置这位应该晋升的旅长。
以前这种情况很少见，每次大的战役，大明即使获胜，也是惨胜，军官与士兵伤亡都十分惨重，甚至超过失败的一方，大明基本上是靠人数的优势在打仗，这样军官就会有许多晋升的空缺。
现在的大明，，依靠装备上的巨大优势，伤亡的情况很少，因此，建立战功的军官士兵难以得到升职，如果不能按律升职，就会削弱将士们为国立功的积极性，国防院这才设立军衔制。
建立军衔制，就是让那些获得军功、应该升职的将士，在暂时没有空缺时，先行提升军衔，等到有空缺的职务时，再行晋升，这就像文官的“候补制”。
大臣们听军衔制只是相当于候补制，不用重新发放俸禄，甚至根本不用另外花银子，内心里也就没有多大的反对意见，朱由检爱折腾就让他折腾去，最好他将心思全部花在军队身上，朝政留给大臣们解决。
况且，他们刚刚封驳了军人的五等爵位制，朱由检心里一定还窝着火，在这无关紧要的问题上，就不要再触霉头了。
第二次军事改革的四项内容，有三项在朝堂获得通过，还有一项被大臣们初步否决，不过，也没有完全堵死，朱由检发现难以通过时，便以“稍后再议”为由，暂时回避了矛盾和冲突。
朝会随即转入下一项议题，财政部长毕自严，当朝汇报新的土地出售、耕地开发的情况。