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全部入城后，明军才组成一个个分队，从城门口向中心地带推进，只要遇上红头发蓝眼睛的西夷，无论是不是西班牙人，也不论是军人还是商人，一律射杀。
城中的土著，只要是拿着武器，不管他们的武器是铁锹还是木棒，也是全部射杀。
未时，分队开始在城内碰头，士兵们只来得及打个招呼，又开始向新的方向，搜索西班牙人，如果稍微有些懈怠，就会失去猎杀西班牙人的机会。
又过了大约一个时辰，城中剩余的西班牙士兵，陆陆续续开始投降，战斗进入尾声，分队开始在城中收拢俘虏，安定民心。
郑芝龙是在申时末入城的，这时，城内的枪声已经完全停下来。
他在士兵的指引下，来到马尼拉总督府，明军士兵正在查抄总督府，总督府外的广场上，西班牙的盾徽旗已经被明军打穿了几个孔，又斩断绳索，垃圾一样堆在地上，代之而起的是明军自己的军旗，一面崭新的日月旗，正迎着晚霞，缓缓在总督府前升起。
在城内汉人的协助下，明军很快就肃清残敌。
城内的汉人已经与李通取得联系，他们并不惧怕明军，相反，他们像是过年过节一样兴高采烈，有些人还协助明军维持城内的秩序，让陆战队的士兵有充分的人手在城内肃敌。
天黑之前，战利品初步清理出来。
明军共搜到黄金三十余万两，白银二百三十余万两，这些金银主要是在总督府的仓库中被发现的。
经过审问得知，黄金主要来自南琉球群岛的几座金矿，本来准备随塔波拉一道，启程运往西班牙国内的；白银主要是来自美洲，是随塔波拉船队横穿太平洋而来，原本预备在东方购买瓷器、茶叶、纺织品等，再运回欧洲高价出售，现在这些金银，都成了明军的战利品。
俘获的人员中，共有西班牙商人一千二百人余人，士兵两千余人，包括马尼拉总督塔波拉。
塔波拉不是普通的西班牙士兵或者商人，郑芝龙自然不会一刀了事，他是西班牙在南琉球群岛的最高军政长官，有了塔波拉在手，在接下来的岛屿争夺战中，郑芝龙手中就握了一张最有力的纸牌，要想杀掉塔波拉，也要等到将他身上的利益榨干之后。