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石，则土亏损多少。石采出供人使用后，又有一些遗弃于地，经久又复返于上，亏损的部分又得到补偿。由土承载和由土所生者，有生必有化，而“由土而生者，化仍归土，以积推而得之也。”至于五金生化之理，其规律是：“其生稀者，其化疏；其生广者，其化数”，而且“皆化为土，以俟劫尽”。作者认为凡从土中生得稀少的贵金属，其化归于土的过程较疏；而广生的贱金属化归于土的过程较频密。但不管是贵金属还是贱金属，在整个生化过程中总量是守恒的。
《形气五》就此写道：“土为母，金为子，于身分量由母而生。”就是说金属产生于土，从土中炼出多少金属，则土中原有金属便亏损多少。接下叙述冶炼出的金属经使用与耗损，又逐步返还于土。土中原来所减少的金属又得到补偿。以铁为例，“凡铁之化土也，初入生熟炉时，铁华铁落已丧三分之一。自是锤锻有损焉，冶铸有损焉，磨砺有损焉，攻木与石有损焉，闲住不用而衣锈更损焉，所损者皆化为土，以俟劫尽。故终岁铁冶所出亿万，而人间之铁未尝增也。”接着指出自然界中各金属的相对蕴藏量，我们换算后得出的比例如下。假定铁的蕴藏量是二万，铅与锡为二千，铜为一千，银为十，而金则为一。可见铁的蕴藏量最大，为金的二万倍，因而铁的产量也最大。按照“其生广者，其化数”的规律，冶炼出的铁转化归土的过程比较频密。在生熟炼铁炉冶炼时已丧失三分之一，后来铸造、锻造又损失一些，制成铁器后攻木攻石及闲着不用生铁锈又损失一些，“所损者皆化为土”。
所以尽管每年冶铁很多，由于不断归土，故“人间之铁，未尝增也”。同样，每年冶铁使土蕴铁量亏失，但因铁不断化为土，故土中之铁未尝减也。在宋应星看来，自然界中的铁虽经历各种变化，但在生化前后总的量是守恒，“未尝增”亦“未尝减”。因而在这里出现了物质守恒思想的闪光。
宋应星在仔细分析了铁的生化之理后指出：“铜、锡经火而损，其义亦犹是已。”锡的蕴藏量二千倍于金，铜则千倍于金，也属于“其生广者”的金属，则其生化之理亦应与铁类似，也是服从守恒原理。“若夫白银、黄金，则火力不能锁损者，只可以生与耗求而化土还虚，以俟劫尽。凡银为世用，从剪斧口中损者，积累丝忽，合成丘山。贱役淘厘锱者只救三分之一。”关于“淘厘锱”，《《天工开物.附录.五金》章银条云：“其贱役扫刷泥尘，入水漂淘而煎者，名曰淘厘锱。一日功劳，轻者所获三分，重者倍之。其银俱日用剪、斧口中委余，或鞋底粘带，布于衢市；或院宇扫屑，弃于河沿。其中必有［银］焉，非浅浮土面能生此物也。”这就是说，既使是作为贵金属的银，在冶炼及成器后也逐步有耗损而归于土。与铁的情况一样，只不过“其化疏”，不如铁那样频密而已。“金之损也，以粘物之箔而刮削化灰而取者，亦救三分之一，其二则俟淘沙、开矿者之补足。此其大端也。夫不详土石五金，而生化之理未备也。”宋应星在穷究试验土石五金生化之理后，得出的重要结论就是自然界的物质生化前后，存在着在量上守恒的规律。
宋应星还在《形气》篇论述了草木与飞潜动植的生化之理，指出草木生于土又复归于土，经年再潜化为气。“初由气化形，人见之。”“气从地下催腾一粒”种子到树木成材，人得见之。树木枯枝、落叶于地上腐烂成泥，或人砍伐木材制成宫室器物与供饮食烧饭，或木得火而燃积为灰烬，这些人亦均可见。但木归土再化力气，“此人所不见也”（《形气一》）。人与禽兽、虫鱼，归根到底都赖草木而生，其生化之理也与草木生化之理同，不外是“形化气、气化形”而已。“草木之朽烬与血肉、毛骨之委遗”均复返于土，再化为气，“非其还返于虚无也”（《形气一》）。而生物归土化气，是靠“地脉蒸气”经极长时间才能实现（《形气三》）。天地间只有火的“化物之功，有一星而敌地气之万钧，一刻而敌百年者”（同上）。宋应星关于生命自然界生化之理告诉我们，正如同土石、五金无机化自然界一样，二者共同遵循着同样的自然规律。他描绘了万物由元气逐步生成，又逐步返还于元气的自然界生化的图景，总的思想精华是在生化过程中物质在量上是守恒的、具体形体有生有灭，但物质是不生不灭。
《形气三》又提供了一个关于生命自然界生化过程中化速与化迟的局部规律。这就是：“化，视其生也。化之速者，其生必速；生之迟者，其化亦迟也。”作者举例说，瓠瓜整个生长期充其量是180 天，而杉树、桧树有长至百年者，则瓠瓜入土后，必较杉、桧入土后化得更快。人也如此，如将成年人与小孩尸体同葬，则“殇骨必先化”。这个论述我们今天不一定会同意。
所要注意的是，作者力图对自然现象作出规律性概括。同时，他还在这条规律上附加一个外在条件：化之迟速不同，亦“由地脉蒸气盛衰不同之故”。
这样，也许使他的论述更为周全一些。为了回答问难者，有时他还另用“熔化之化”来解释例外情况。从宋应星关于万物生化理论中，我们看到他除了对五行中水火给予特别的注意外，也还很看重土的作用。如果说水火是五行中最基本的本原，那么其次便是土。土生金石、草木，再逐步衍繁成动物，而后者均复归于土，通过土化为气。土的功用也是很大的，因此作者行文中用了“土为母”的说法。
在宋应星运用“形气论”、“二气五行说”解释自然界万物生化之理时，特别需要强调的，是他论证了无机自然界与有机自然界在物质来源上的统一性、二者的自然过渡和服从同样自然规律的哲学观点，同时他还描述了自然界万物不断生生化化的一幅运动的图景。他的不少观点和论述比起前辈来，都有新意和独创性，蕴藏着比较丰富的朴素唯物主义和辩证法思想。他的自然观与别的哲学家不同的是，他较少用社会现象作为论据，而主要依赖他所观察和调查的自然现象和工农业生产技术以及所掌握的科技知识。中国唯物主义思想史中，所缺少的正是像宋应星这样的哲学家。不过我们也不要忘记，他的有些论述还不像专门哲学家那样严密并上升到应有的理论高度。举个例子说，他在阐述五金生化之理时，已涌出了物质守恒思想，而且本能地具有定量概念。这个伟大思想发现对他来说几乎已垂手可得，但他没能抓住契机一鼓作气地发挥并引申下去，把物质守恒原理作为整个自然界普遍生化之理确定下来。尽管如此，他在物质守恒思想发展史中仍做出自己的贡献。
社会上某种伟大思想的成熟，总要经过长期的蕴酿，要经过几代人的思想传递。物质守恒思想由王充、张载做了初步的哲学阐述，但未深入发挥，可以说是思想的闪光。这种思想经宋应星给以定量描述，再一次闪现，并提醒了人们的注意。
直到宋应星《论气》出版半个世纪后，王夫之又发挥了物质守恒观念，使人们感受到这种思想的力量。他接过宋应星的论题，趁为北宋的张载《正蒙》作注之机作出了下列精采论述：“车薪之火一烈已尽，而为焰、为烟、为烬，木者仍归木，水者仍归水，土者仍归土，特希微而人不见尔。一甑之炊，湿热之气，蓬蓬勃勃
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