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美国队长被找到，随后在纽约苏醒。fury 告诉他，他已经沉睡了70年。
洛基从灭霸那里得到了心灵权杖（后者希望得到宇宙魔方），并从 chitauri 那里得到了一支军队。
洛基入侵赛尔维格博士研究宇宙立方的基地，并用心灵权杖控制了博士与巴顿，顺利夺走宇宙魔方。fury告知手下战争已经开始。
洛基在自己的基地开始研究宇宙魔方。
coulson 紧急召回在俄罗斯执行任务的黑寡妇，并让她前去将班纳博士带回基地。
fury 正式通知美国队长需要行动，之后将他带上飞船。同时，黑寡妇也成功说服班纳。
洛基设计故意被抓，之后与巴顿里应外合使得复仇者联盟大乱。
科尔森想要阻止洛基，结果被杀。随后被 fury 送去接受 project tahitti，重新拯救了他的生命。当时使用了克里人的细胞组织（克里人曾经来到过地球）。也因此，coulson 在复活之后开始控制不住自己一直画一幅图。
coulson 的死亡使得众人放下了矛盾与争执，联手对抗洛基。随后双方在纽约大战，chitauri 大军入侵地球，复仇者联盟集体应敌。
－复仇者联盟战况不利，安全理事会最终下令发射核弹，托尼拼死将核弹送出地球。黑寡妇用心灵权杖关闭了 chitauri 进入地球的通道。（malick家族的内容会在之后补充）
thor 将宇宙魔方和洛基一起带回 asgard。
纽约大战后的托尼精神始终处于高度紧张的状态，几乎无法离开战甲生活。
2013年，研究大有所成的 killian 带领他的团队开始资助十戒帮并伪造出超级恐怖分子满大人，利用他制造了大量恐怖事件与恐怖袭击。
连续不断的恐怖袭击后，托尼公布了自己的住址并向满大人宣战，基连的团队将托尼住宅夷为平地。小辣椒依靠战甲保护玛雅汉森离开，托尼依靠 mark42 死战逃脱。
汉森把小辣椒交给了 killian，后者开始并对她进行绝境改造。
美国总统忍无可忍派出钢铁爱国者（战争机器）抓捕满大人，结果被 killian 设计将他抓获。
潜入满大人所在地的托尼发现了满大人的真相，但被 killian 的手下囚禁。汉森良心发现希望释放托尼，被 killian 杀害。
killian 手下利用战甲欺骗了美国总统，并将其绑架。
mark前来营救托尼，并顺利将罗德一并救出。
托尼与罗德潜入 killian 基地营救小辣椒与美国总统（killian 正打算全美直播杀害总统）。托尼召唤出全体钢铁侠战甲抗敌。
罗德顺利救下美国总统，重新获得战甲并带总统离开。
托尼与钢铁侠军团力战 killian，最后在小辣椒的帮助下消灭 killian。同时，托尼引爆了所有的战甲，为小辣椒庆祝圣诞节。
托尼用手术去除了小辣椒体内的绝境病毒，同时也对自己进行了手术。之后的托尼不再需要反应堆维持自己的生命。
托尼将这一段经历讲述给了班纳博士。
2013年，在 fury 的授意下，梅与希尔帮助复活的科尔森组建了一只特别队伍，其中包括了新晋七级特工沃德，五级特工西蒙斯与菲兹。梅按照 fury 的指示，定期通过加密线路想她汇报科尔森的情况。
被加勒特以当年绝境病毒为蓝本开发出来的 deathlok 战士（蜈蚣病毒）peterson 现身。此后 deathlok 被加勒特的手下持续改造（但在儿子被安全救出后，peterson 攻击了加勒特并开始为神盾局效力）。
－coulson 招募 skye 加入队伍。
罪孽深重的洛基被 odin 囚禁。
在thor，sif以及 warriors three 的征战下，九大宇宙在彩虹桥被破坏之后第一次恢复和平。
－2013年，以太粒子进入简的体内。同时，唤醒了沉睡中的黑暗精灵。malekith 意图夺回以太粒子，重新将宇宙带回黑暗世界的时代。
索尔将简带回 asgard 寻求治疗，以求除去她体内的以太粒子。
在强力战士阿格姆的卧底配合下，黑暗精灵大举进攻 asgard，意图抢夺简体内的以太粒子。odin 的皇后 frigga 为了保护简而牺牲。odin 丧失理智要与黑暗精灵死战。
为了替母亲报仇，同时拯救简，雷神与洛基一起带着简前往黑暗世界。二人成功上演苦肉计，以太粒子离开了简的体内，但并未被摧毁。洛基被杀。
雷神和简回到地球，在塞尔维格博士的帮助下找到了“九大国度”成一线的中心点，黑暗精灵也已经达到。在重力空间转换仪器的作用下，雷神与黑暗精灵大战，最终取胜。
雷神回到 asgard 接受惩罚，表示愿意放弃皇位去地球陪伴简。得到了odin的许可。但其实 odin 是洛基幻化而成。
以太粒子被交给收藏家蒂万处保管。仙宫选择保存下宇宙魔方。
神盾局特工前往格林威治整理索尔战斗后的残骸，并接到一起报案。
狂暴战士（兰道夫教授）留下的手杖（一部分）被狂热宗教分子找到，他们企图找到完整的武器。被神盾局及时阻止。
sif 为了抓捕lorelei来到地球，在神盾局的帮助下sif顺利完成任务。
神盾局在不停调查千里眼以及蜈蚣计划。神盾局总部汉德，sitwell 以及布莱克前往支援并了解科尔森的情况。
在追捕千里眼过程中，布莱克受重伤被救回。sitwell 接到总部的通知让他前往雷姆利亚星执行任务（其实是收到命令去研究之行 zola 博士的算法）
2014年，美国队长在跑步时结识了猎鹰。
美国队长带领黑寡妇与朗姆罗（交叉骨）实施雷姆利亚星的营救任务，被困人质包括高级特工西德维尔。美国队长发现黑寡妇在执行自己不知道的任务（复制雷姆利亚星的行发射文件）。
fury 告知了美国队长“洞察计划”，美国队长表示了反对。
美国队长前去看望了卡特。
fury 发现自己无法读取黑寡妇带回来的文件，意识到洞察计划有问题，于是向皮尔斯申请推迟该计划。皮尔斯表示允许。
fury 在路上遭到皮尔斯安排的围攻，他奋战逃脱后到了美国队长的住所。皮尔斯利用此事件成功诱骗安全理事加速推进洞察计划。
暗语交谈过程中被巴恩斯远距离枪击。美国队长追击未果，莎朗卡特袒露身份。
美国队长被皮尔斯安排人追杀。
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