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在神盾局总部的电梯里，rumlow 带人与罗杰斯大战，结果失败。
顺利逃脱后，美国队长与黑寡妇根据后者偷取到的情报找到了原神盾局总部，并在 zola 博士的叙述中了解到了神盾局与九头蛇的真实情况。随后神盾局发射导弹轰炸了这里。
美国队长与黑寡妇找到了猎鹰，他揭示了自己的身份并愿意支援美国队长。
美国队长联合猎鹰与黑寡妇挟持了西德维尔并获知了关于洞察计划的秘密。挟持他之前，sitwell 正在和 stern 议员聊天。
美国队长等人在路上遭到九头蛇伏击，在与对手持续大战后，美国队长发现对方头号杀手居然是自己最好的朋友巴恩斯。
美国队长三人被擒，但在押送过程中被希尔救下。
希尔带美国队长等人前往了 fury 的藏身处，并制定了作战计划。
美国队长与鹰眼正面进攻神盾局总部，黑寡妇与 fury 成功配合将皮尔斯击毙。
美国队长为了阻止洞察计划，与巴基大战，最后成功放入芯片阻止了九头蛇的阴谋。但为了就巴基，美国队长从高空跌落，被巴基救回在岸边。
与猎鹰肉搏大战的 rumlow 被大火烧成重伤，但并未死亡。
神盾局总部大战后，希尔加入斯塔克工业，莎朗卡特进入cia。
总部之外，神盾局的各个基地和队伍都受到了九头蛇的攻击。由高级特工冈萨雷斯带领的lliad 也受到船上卧底九头蛇的猛烈攻击。芭比与 hartley 按照 fury 的指示来毁掉这艘船，但最终 mack 说服了她们以及冈萨雷斯。船上所有神盾局特工一起战胜了九头蛇，夺回lliad。该小组以冈萨雷斯为核心，开始重建神盾局。
九头蛇成员史崔克策反史密斯特工，偷到心灵权杖转移到sokovia，开始制造武器。与此同时，他也和李斯特博士一起开始收集inhuman。专心从事研究工作的史崔克迎来一对神奇的姐弟（女巫与快银）自愿作为史崔克的试验品。
之前一直伪装成千里眼的加勒特被 coulson 团队识破诡计，在汉德的帮助下活捉加勒特并由汉德带走关押。
加勒特的门徒沃德杀死汉德，并协助恩师加勒特开始大肆攻占神盾局基地，抢夺各种物品。
coulson 在军方与 fury 的帮助下杀死加勒特，除去九头蛇重要一支力量。
fury 给了 coulson 一个 toolbox，并安排他担任神盾局新任局长，重建神盾局。
重建过程中，fury 的团队补充了兰斯亨特，芭比莫尔斯以及麦克。芭比最初被安排在九头蛇进行卧底，在西蒙斯卧底被发现后，芭比将她救出。
coulson 瞒住众人秘密和 sam 见面，sam 将 fury 全新的计划 theta protocol 告知了coulson。该项计划正是重建 fury 之前的超级战舰。
－whitehall 在恢复青春后，仍然持续追查并挖掘方尖碑的秘密，巴克希是他的助手。期间他们洗脑了33号特工。
coulson 终于明白自己一直不停画的东西是什么，他带领手下一起找到了艾提兰古城。coulson与whitehall正面碰撞，在cal与whitehall正面对峙时，coulson将后者击毙。
在古城中，coulson的团队找到了神庙。
－daisy，花裙子接触了泰瑞根水晶，完成了转化。
－九头蛇内部讨论 whitehall 的继承者，科尔森设计让九头蛇内部自相残杀。
由于科尔森隐瞒的秘密过多，冈萨雷斯果断出手，控制了科尔森的基地。后者在梅的帮助下逃脱。
skye被 gordon 带回 afterlife，开始接受母亲的特训，尝试学习操控自己的超能力振动波。
－希尔和 coulson 进行了通话。coulson 告知了希尔心灵权杖的位置并表示 theta protocol 已经准备完毕，可以让复仇者联盟出动。
－复仇者联盟集体出动，顺利剿灭史崔克，并夺回了心灵权杖（史崔克最终被奥创杀死）。
战斗过程中，快银与女巫（马克西莫夫）第一次与复仇者交手。女巫让托尼斯塔克看到了内心的恐
看到内心恐惧的托尼想和班纳博士一起利用宇宙魔方来制造奥创（人工智能），以此来保护地球与人类，班纳被托尼说服并开始一起工作。
在所有人都在庆功宴玩乐的时候，奥创诞生。
奥创指挥钢铁军团与复仇者交战之后逃脱，并说服了马克西莫夫姐弟二人为自己效力。
奥创找到了军火走私商人 klaue，意图用振金作为原料开始为自己打造身体。
复仇者几乎同时赶到非洲，与奥创以及马克西莫夫姐弟交手。女巫用超能力击退了几乎所有战士。最后被巴顿击倒，但女巫已经成功释放了绿巨人的疯狂。奥创顺利带走所有振金。
钢铁侠召唤出 veronica 战甲，顺利制服了绿巨人。
巴顿将混乱不堪的队友们带回自己的私人住宅。
奥创用心灵权杖控制了海伦教授，并让她用摇篮再生组织配合振金以及心灵宝石为自己打造身体。
fury 也来到巴顿的住宅，为复仇者提供了建议，并暗示自己会提供必要帮助。
接触到奥创本质的女巫认清了他的真面目，她帮助海伦解除了控制，奥创的意识没有完全传输到新的身体，结果半路被复仇者将躯体截走。在此期间，马西莫夫兄弟帮助美国队长完成了一次重要救援。
托尼希望把贾维斯的程序导入躯体，遭到了美国队长的强烈反对。复仇者内部争执不下，在一番打斗争吵后，雷神出现，他的雷电力量让幻视诞生。
复仇者联盟向skovia发起总攻，幻视将奥创与互联网隔离，使他无法离开自己的身体。
复仇者联盟大战奥创军团。
fury的 theta protocol 顺利实现，他带着全新完成的战舰前来支援复仇者。（船上的小职员，正是当年拒绝 rumlow 将战舰升空的那一位）
快银为了救鹰眼不幸牺牲。
复仇者联盟最终取胜并救下所有平民。战后，巴顿隐退，浩克离开，雷神赶回仙宫，托尼退出。第一代复仇者联盟基本解散。
美国队长与黑寡妇一起组建了新一代复仇者联盟，成员包括战争机器，女巫，幻视以及猎鹰。同时，helen 以及塞尔维格博士都加入复仇基地工作。
coulson向冈萨雷斯坦白了 theta protocol。冈萨雷斯接受coulson的提议，神盾局重新合并为一个。coulson担任局长，冈萨雷斯担任顾问。
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